Comparison of nasal swabs and handmade foam cubes for detecting equine herpesvirus 5 (EHV-5) by quantitative polymerase chain reaction (qPCR)

Abstract

The control of equine respiratory infections is a biosecurity challenge. Respiratory viruses are often rapidly detected using quantitative polymerase chain reaction (qPCR) on nasal swabs. In the past, some laboratories developed handmade techniques to increase the amount of nasal secretions collected, without comparing them with nasal swabs when qPCR replaced the use of viral culture. The objectives of this study were to compare nasal swabs and handmade foam cubes for i) the detection of a common equine herpesvirus (EHV-5) by qPCR, and ii) their tolerability. Forty-five polyester swabs and foam cubes were used to sample 9 horses 5 times. These were then analyzed by qPCR for EHV-5. Agreement of qPCR results (positive, suspect, negative) was assessed using the intraclass correlation (ICC) and the avoidance scores were compared using a proportional odds mixed model. The ICC showed moderate agreement (0.61, P , 0.001). Twenty-seven percent of the samples were positive or suspect with either swabs or foam cubes, whereas 18% were strictly positive with swabs and 11% with foam cubes. Avoidance scores were not statistically different. Both methods have an acceptable agreement. Handmade foam cubes did not provide additional diagnostic value compared to polyester swabs, which is the method presently recommended.

Les infections respiratoires équines constituent un enjeu de biosécurité. La détection rapide des virus est fréquemment réalisée par PCR quantitative (qPCR) sur des écouvillons nasaux. Certains laboratoires ont développé des techniques pour augmenter la collecte des sécrétions nasales, sans les comparer aux écouvillons lorsque la qPCR a remplacé la culture virale. L’objectif de l’étude était de comparer des écouvillons nasaux et des cubes de mousse pour i) la détection d’un herpèsvirus commun (herpèsvirus équin (EHV-5) par qPCR et ii) leur tolérabilité. Quarante-cinq écouvillons et cubes de mousse ont été utilisés pour échantillonner 9 chevaux à 5 reprises et ont été analysés par qPCR pour EHV-5. La concordance des résultats de qPCR (positifs, suspects, négatifs) a été évaluée avec une corrélation intraclasse (ICC) et les scores d’évitement ont été comparés à l’aide d’un modèle mixte à cotes proportionnelles. L’ICC a montré un accord modéré (0,61, P , 0,001). Vingt-sept pourcent des prélèvements étaient positifs ou suspects avec les écouvillons ou les cubes de mousse, tandis que 18 % étaient strictement positifs avec les écouvillons et 11 % avec les cubes de mousse. Les scores d’évitement n’étaient pas statistiquement différents. Les deux méthodes ont une concordance acceptable. Les cubes de mousse n’apportent pas de valeur diagnostique supplémentaire par rapport aux écouvillons en polyester, la méthode actuellement recommandée.