Faculté de médecine vétérinaire – Thèses et mémoires

URI permanent de cette collectionhttps://hdl.handle.net/1866/2966

Cette collection présente les thèses et mémoires des étudiant.e.s la Faculté de médecine vétérinaire de l'Université de Montréal.

1990 - : Couverture exhaustive (quelques titres manquants)
avant 1990 : Période non couverte ou couverture partielle

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    Effets combinés des changements climatiques et des changements d’utilisation des sols sur les populations de moustiques en Ontario
    Rakotoarinia , Miarisoa Rindra; Ludwig, Antoinette; Leighton, Patrick; Ogden, Nicholas (2025-04)
    The entomological context in Canada is undergoing significant transformations, marked by an increase in mosquito species over the last decade, bringing the total to approximately 80. Among these species, a minority pose a significant risk to public health due to their ability to transmit disease agents, primarily arboviruses in the Canadian context. In recent years, we have witnessed the emergence and re-emergence of human mosquito-borne diseases (MBD), caused by West Nile virus (WNV) and viruses from the California serogroup (CSV), including those of Snowshoe hare (SSHV) and Jamestown Canyon (JCV). Additionally, some diseases that affect mainly animals, like the Eastern equine encephalitis, also remain a concern for public health. These phenomena of emergence and re-emergence are often linked to climate change, which is the most studied and best-documented factor to date. However, other elements, such as land use, though less popularized, have also had scientific interest in recent years, highlighting the complexity of the issue and the importance of considering a broader range of variables in modeling mosquito populations and MBDs. Existing literature abounds with studies analyzing the separate impacts of climate or land use on mosquito populations, but the joint consideration of these two factors has rarely been addressed, particularly in the context of Canada. This gap underscores the need for investigations that explore the combination of climatic conditions and land use for a more comprehensive understanding of their influence on mosquito population dynamics. Our study aims to bridge this gap by examining specifically Eastern Ontario. First, our research used entomological data collected in the Greater Ottawa area between 2017 and 2018 to assess whether integrating land use improves understanding of observed variations in mosquito species occurrence and abundance. This involved correlating entomological data with Daymet weather data and annual crop inventory information for the same period. We analyzed two types of models: one considering only weather variables, and other including both weather and land use variables. Results highlighted the importance of considering land use, and its impact varied by species, underscoring the need to adjust models according to the species being studied. Our results have also highlighted unexplained variance, indicating that factors not considered in our study could influence the outcomes. We then extended our study area to Eastern Ontario, where we developed and modeled land use scenarios suited to the ecology of mosquitoes. The Dyna-CLUE model was used to simulate these land use scenarios until 2070, based on historical trends. We proposed five scenarios reflecting different levels of urbanization, agricultural expansion, and the conservation of natural areas. The results showed a good match between predicted and observed maps in 2020, predicting significant changes by 2050, and notable deforestation by 2070. These scenarios, developed to be combined with climate projections, were used to estimate mosquito populations. Finally, our focus shifted to Culex pipiens-restuans abundance, the main vector for WNV in the region, and to mosquito diversity, as a more general indicator of species. For this phase, the study period covered 2002 to 2020, and the study area was Eastern Ontario. The objective was to determine how Cx. pipiens-restuans abundance and mosquito diversity would evolve in the future in response to climate and land use changes. For this purpose, the previously developed and modeled land use scenarios were integrated with climate scenarios to carry out projections. Results demonstrated that land use is a relevant factor for predicting Cx. pipiens-restuans abundance. As for mosquito diversity, only the impact of climate changes proved to be decisive. Our analyses also revealed a characteristic spatial pattern of the regional landscape, showing stability in western natural areas compared to more pronounced changes in the east, more affected by human activities. Our results suggest that incorporating land use enhances our understanding of the spatio-temporal dynamics of mosquito populations. They also shed light on human activities as a factor facilitating changes in mosquito populations, thereby impacting disease transmission. This study underscores the significant role of land use and climatic conditions in the dynamics of mosquito populations, highlighting the impact of human activities on MBD transmission. Our findings emphasize that preserving natural habitats could be an effective strategy to mitigate the effects of climate change and reduce the risks associated with vector-borne diseases, adapting to changing environmental realities.
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    Dynamique de colonisation des poulets de chair par deux souches de Campylobacter jejuni et interactions hôte-pathogène
    Chagneau, Sophie; Thibodeau, Alexandre; Gaucher, Marie-Lou; Fravalo, Philippe (2025-03)
    Campylobacter jejuni est reconnu comme la principale bactérie d’origine alimentaire responsable de gastroentérites humaines dans le monde. C. jejuni réside dans le tractus gastrointestinal de divers animaux, incluant la volaille reconnue comme étant la principale source de transmission aux humains. En raison du nombre important de campylobactérioses humaines et de l’augmentation de la consommation de poulets, il est primordial de garantir la salubrité alimentaire de la viande et des foies de poulets. L’une des stratégies repose sur la réduction de la colonisation des oiseaux par C. jejuni grâce à des mesures de contrôle à la ferme. Toutefois, un contrôle adéquat de Campylobacter chez la volaille nécessite avant tout une compréhension plus approfondie de sa colonisation. Bien que les oiseaux puissent être colonisés par différentes souches de C. jejuni compétitionnant les unes avec les autres, les mécanismes sous-jacents demeurent inconnus. Par ailleurs, la dissémination extra-intestinale de C. jejuni est très peu étudiée à ce jour. Finalement, aucune étude expérimentale évaluant les réponses immunitaires locales et systémiques induites par la colonisation de C. jejuni n’a été réalisée avec plus d’une souche. Par conséquent, cette thèse visait donc à évaluer l’impact d’une mono-infection et d’une co-infection avec deux souches de C. jejuni possédant des potentiels de compétition opposés sur leur colonisation cæcale et iléale, sur leur translocation vers le foie et sur les réponses immunitaires locales et systémiques des poulets. En outre, la colonisation intestinale de C. jejuni requière la disponibilité en acides aminés, tels que la sérine, le glutamate et la proline, pour coloniser avec succès les caeca. Ainsi, cette thèse a également évalué une mesure de contrôle reposant sur la modulation de la disponibilité en acides aminés par l’ajout d’une protéase à des moulées contenant différentes sources de protéines. Des poulets de chair de 14 jours d’âge ont été inoculés avec différentes doses de deux souches de C. jejuni possédant des potentiels de compétition opposés. Dépendamment de l’inoculum, nous avons constaté que la souche fortement compétitrice pouvait aider la souche faiblement compétitrice à coloniser l’intestin des poulets ou que les deux souches compétitionnaient l’une avec l’autre. Contrairement à la souche fortement compétitrice, nous avons observé que la souche faiblement compétitrice était capable de rejoindre et de dominer le parenchyme hépatique. La souche faiblement compétitrice semblait également profiter de la présence de la souche fortement compétitrice pour faciliter et accélérer sa propre translocation hépatique. Nous avons également observé une diminution du niveau d’expression de certaines protéines des jonctions serrées dans le tissu iléal, suggérant que C. jejuni pourrait compromettre l’intégrité de la barrière intestinale pour rejoindre le foie. De plus, C. jejuni semble moduler la réponse immunitaire intestinale afin de faciliter sa dissémination hépatique. Par ailleurs, la contamination du parenchyme hépatique par C. jejuni a déclenché une réponse immunitaire hépatique, a mené à la production des IgYs spécifiques dans le sérum des poulets et ainsi qu’à la production de l’amyloïde sérique A, une protéine de la phase aigüe, pour certaines conditions. Afin d’évaluer l’efficacité de la mesure de contrôle sur la colonisation intestinale et la translocation de C. jejuni, une protéase a été ajoutée à des moulées contenant des protéines animales ou végétales. Les poulets ont été inoculés à 14 jours d’âge par les deux mêmes souches de C. jejuni que précédemment. L’ajout de la protéase à la moulée végétale a augmenté les niveaux de colonisation iléale de C. jejuni, a diminué sa colonisation cæcale et a inhibé sa translocation hépatique. En revanche, l’ajout de la protéase à la moulée animale n’a eu aucun effet sur les niveaux de colonisation iléale et cæcale de C. jejuni. Contrairement à la moulée animale, l’ajout de la protéase à la moulée végétale a modifié la diversité et la structure du microbiote cæcal des poulets. Afin de visualiser les relations entre Campylobacter et les autres genres bactériens du microbiote cæcal, des réseaux d’associations microbiennes ont été construits. L’ajout de la protéase à la moulée végétale n’a pas eu d’impact sur la structure du réseau d’association microbienne, mais a tout de même conduit à une modification des taxons bactériens interagissant avec Campylobacter. Ces résultats permettent de mieux comprendre les interactions entre souches de C. jejuni pour la colonisation intestinale et la dissémination hépatique des poulets. De plus, la modulation de la disponibilité en acides aminés par la protéase a donné des résultats prometteurs afin de contrôler C. jejuni chez la volaille. L’ensemble de ces résultats contribueront à l’élaboration de traitements adéquats afin de contrôler la colonisation intestinale et de la dissémination extra-intestinale de Campylobacter chez la volaille.
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    Factors affecting the health and performance of veal calves in Québec
    Mohamed, Abdelmonem; Buczinski, Sébastien; Francoz, David; Dufour, Simon (2023-12)
    Contexte : Les veaux laitiers en surplus, principalement des mâles, sont généralement vendus en jeune âge pour être engraissés dans le secteur du veau lourd. La santé et les performances de ces veaux sont d’une importance tant pour l’industrie laitière, même si la vente de veau ne représente qu’une petite partie du revenu de l’exploitation laitière, que pour l’industrie des veaux lourds. Au cours du cycle de production de veaux lourds, la mortalité et la morbidité varient en fonction du lot mais oscillent respectivement autour 5% et 20%. Parmi les facteurs de risque, une mauvaise gestion du colostrum et de l’alimentation à la ferme laitière d’origine (notamment avec du lait non commercialisable) sont souvent incriminés, ainsi que le transport et le stress lors du circuit de vente. Bien que le Québec soit le premier producteur de veaux lourds au Canada, représentant 80 % de la production nationale, les données sont rares concernant les associations entre l’immunité passive et les autres facteurs de risque d’arrivée dans les sites d’engraissement avec la morbidité, la mortalité et le gain moyen quotidien des veaux lourds au Québec. Objectifs : l’objectif de cette thèse était d’évaluer les facteurs de risque à l’arrivée dans les sites d’engraissement, en particulier le transfert d’immunité passive (TIP) associés à la morbidité, à la mortalité et au gain moyen quotidien (GMQ) des veaux lourds via (1) une revue systématique et méta-analyse ; et (2) une étude terrain. Méthodes : (1) recherche de la littérature dans les bases de données CAB abstracts (via CAB direct), PubMed et Web of Science (via ISI). Les études observationnelles et les essais randomisés publiés en anglais ou en français évaluant l’association entre un transfert inadéquat de l’immunité passive et l’un des conséquences spécifiés (c.-à-d., la mortalité, le complexe respiratoire bovin, la diarrhée, l’arthrite et l’otite) ont été inclus. La population d’intérêt était des jeunes veaux laitiers transportés dans des installations commerciales et élevés pour la production de viande de veau ou à d'autres fins de production. Les modèles de méta-analyse à effet aléatoire ont été exécutés si les données brutes ou ajustées d’au moins 5 études étaient disponibles pour une issue d’intérêt. (2) 1729 veaux de lait et de grain ont été échantillonnés au hasard au cours de la première semaine suivant leur arrivée dans 59 installations des régions de la Montérégie et du Centre du Québec. Le transfert d’immunité passive a été mesuré à l’aide du réfractomètre Brix (seuil sérique ≥ 8.4 %). La morbidité, la mortalité et le gain moyen quotidien de ces veaux ont été modélisés comme des conséquences en fonction de variables catégorielles (TIP inadéquat au niveau individuel, saison d’arrivée, sites d’achat et poids d’entrée) et une variable continue (proportion de TIP inadéquat dans le lot). Ces modèles ont été réalisés avant et après l’imputation des données manquantes. Résultats : (1) parmi 6221 résumés, 19 études ont finalement été retenues. Nous avons constaté que les veaux souffrant d’un TIP inadéquat couraient un risque de décès plus élevé que ceux avec un transfert d’immunité passive adéquat [rapport de cotes (RC) = 2.46 ; Intervalle de confiance à 95 % (IC 95%) : 1.43-4.22, n = 8 études]. Le risque de diarrhée était plus élevé chez les veaux avec un TIP inadéquat (RC = 3.03 ; IC 95 % : 1.2 à 7.62, n = 7 études). Il y avait un biais de publication important dans les 5 études rapportant le complexe respiratoire bovin comme issue. Après ajustement pour le biais de publication, l’association n’était plus statistiquement significative (RC = 1.40 ; IC 95 % : 0.77-2.6). Il n’y avait pas assez d’études pour examiner de manière adéquate les sources d’hétérogénéité pour la mortalité et la diarrhée. (2) À partir de 1729 veaux échantillonnés pour la mesure du TIP dans 59 lots, 1084 avaient un Brix% sérique inférieur à 8.4 %, ce qui indique que 62.7 % des veaux avaient un TIP inadéquat. Il n’il n’y avait pas de corrélation entre la prévalence de la morbidité ou de la mortalité dans ces 59 lots et la proportion de TIP inadéquat au niveau du lot. À l’inverse, par rapport aux veaux ayant TIP adéquat, ceux ayant TIP inadéquat étaient plus susceptibles d’être malades (RC : 1.56 ; IC 95 % : 1.2-2.05). Le TIP inadéquat n’était pas associé de manière significative à la probabilité de mortalité (RC : 1.27 ; IC 95 % : 0.74–2.18). Par rapport aux veaux arrivés à l’automne, ceux qui ont été amenés aux installations pendant l’hiver avaient un risque de mortalité plus bas (RC : 0.16 ; IC 95 % : 0.03 à 0.78). Les veaux qui ont souffert de TIP inadéquat ont acquis 0.02 kg/j de moins que ceux qui avaient TIP adéquat. De plus, les veaux arrivés aux installations pendant l’été ont acquis 0.08 kg/j de moins que ceux arrivés pendant l’automne. L’administration au moins une fois d’antibiotiques aux veaux a entraîné une réduction de 7.2 kg poids à la fin du cycle de production par rapport aux veaux non traités. Conclusion : le TIP inadéquat a été fréquemment observé chez les veaux lourds du Québec et s’est avéré associé à des risques de morbidité plus élevés et à un gain moyen quotidien plus faible. Il est recommandé de poursuivre les recherches afin d’obtenir une conclusion claire, en tenant compte de facteurs tels que l’âge auquel le transport depuis la ferme laitière a lieu, ainsi que de variables confondantes potentielles telles que la déshydratation et les comorbidités du veau.
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    Évaluation de la capacité immunoprotectrice de protéines recombinantes exposées à la surface de Clostridium perfringens pour le développement d'un vaccin efficace contre l'entérite nécrotique aviaire
    Heidarpanah, Sara; Gaucher, Marie-Lou; Thibodeau, Alexandre; Quessy, Sylvain; Segura, Mariela (2023-12)
    Certaines souches pathogènes de Clostridium perfringens de type G provoquent l’entérite nécrotique aviaire, une maladie gastro-intestinale complexe des poulets à chair qui a de graves conséquences économiques pour l'industrie avicole mondiale, et pour laquelle, une stratégie de contrôle efficace fait actuellement défaut. En utilisant une approche par vaccinologie inverse comparative et soustractive, notre équipe a identifié 14 cibles vaccinales uniques à six souches de Clostridium perfringens causant l’entérite nécrotique et absentes des dix souches commensales. Les objectifs de la présente thèse étaient (i) d’analyser le contenu génomique d'une collection de 41 souches de Clostridium perfringens; (ii) de valider des données antérieures obtenues in silico pertinent à l'identification de 14 cibles vaccinales, de générer des protéines recombinantes et d’évaluer leur immunogénicité; (iii) d’étudier les capacités protectrices des protéines recombinantes dans un modèle d’induction expérimentale de l’entérite nécrotique; et (iv) d’étudier le lien entre les réponses immunitaires et les profils du microbiote intestinal chez des poulets de chair vaccinés soumis à ce modèle d’induction de l’entérite nécrotique. Pour atteindre le premier objectif, la présence de 20 facteurs de virulence associés à Clostridium perfringens a été documentée. Trois loci importants d'entérite nécrotique (NELoc-1, 2 et 3) ont été caractérisés et l'existence de gènes de résistance aux antibiotiques, d'éléments de prophage et de plasmides a été évaluée. De plus, l'analyse pangénomique a été réalisée. Les résultats ont révélé une grande diversité génomique dans les isolats de Clostridium perfringens, avec seulement 6% des gènes représentant le génome coeur (chapitre 4). Le deuxième article (chapitre 5) présente les résultats relatifs au deuxième objectif. Les résultats ont montré que la moitié des séquences codant pour les protéines sont présentes dans le génome de souches commensales. Donc, ces séquences ont donc été exclues des étapes subséquentes. Cinq protéines ont alors été produites et utilisées pour l'immunisation des poulets de chair. Les résultats d’analyse par ELISA ont montré que les titres d'anticorps de type IgY à 21 et 35 jours d’âge chez les oiseaux vaccinés étaient significativement plus élevés que ceux mesurés aux jours 7 et 14, et plus élevés que ceux du groupe d'oiseaux recevant l'adjuvant seul (valeur-p ≤ 0,001). Finalement, les résultats ont montré que les anticorps produits chez les oiseaux immunisés à l’aide des candidats vaccinaux offraient une protection partielle contre l’entérite nécrotique, avec seulement 30% des 80 oiseaux vaccinés présentant des lésions typiques d'entérite nécrotique. Aussi, le séquençage des amplicons de la région V4 de l’ARN ribosomal 16S a montré que l'immunisation n’a pas modifié l'abondance relative des bactéries bénéfiques productrices de butyrate, y compris Ruminococcaceae, par rapport au groupe témoin (valeur-p > 0,05). En revanche, l'abondance relative des familles bactériennes considérées comme nocives, telles que les Enterobacteriaceae, a été réduite de manière significative (valeur-p < 0,01) chez certains groupes (chapitre 6). À notre connaissance, aucune étude n'a jusqu'à présent identifié et produit de protéines candidates vaccinales exposées à la surface et uniques à Clostridium perfringens causant l’entérite nécrotique en utilisant une approche par vaccinologie inverse comparative et soustractive. Pour une application de cette approche vaccinale dans l'industrie, d'autres méthodes de livraison, y compris l'immunisation in ovo, la vaccination orale ou même l'immunisation des poules reproductrices devraient être envisagées dans les études futures.
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    Étude des hôtes réservoirs de l'anaplasmose granulocytaire dans un environnement péri-domestique du sud du Québec
    Audet-Legault, Raphaëlle; Bouchard, Catherine; Aenishaenslin, Cécile; Rocheleau, Jean-Philippe (2024-10)
    L’anaplasmose granulocytaire humaine (AGH) est une maladie vectorielle causée par la bactérie Anaplasma phagocytophilum (Ap) et transmise par la tique Ixodes scapularis. Le variant zoonotique, dit « human active » (Ap-ha), est pathogène pour l’humain, le cheval et le chien. L’AGH est en émergence au Canada et au Québec, où un agrégat inhabituel de cas a été détecté en 2021 dans la région de l’Estrie, au sud du Québec. L’objectif de ce mémoire est de mieux comprendre quelles espèces de micromammifères sauvages peuvent être considérées comme des hôtes réservoirs compétents du variant Ap-ha, ce qui est pour le moment inconnu dans le contexte canadien. Au cours des étés 2022 et 2023, 547 micromammifères ont été capturés sur huit sites boisés péri-domestiques de la région de Bromont afin d’évaluer le niveau d’infestation par des tiques immatures, leur statut infectieux pour Ap-ha et leur capacité à infecter des larves. Nos résultats nous permettent d’affirmer que le tamia rayé (Tamias striatus) et la souris du genre Peromyscus (Peromyscus spp.) constituent des réservoirs compétents d’Ap-ha dans le sud du Québec. Il s’agit de la première étude canadienne à s’intéresser aux hôtes réservoirs de l’AGH et à détecter ce pathogène chez des espèces autres que la souris à pattes blanches au Canada. Ce projet s’inscrit dans une approche Une Seule Santé puisqu’il intègre des notions d’écologie et d’épidémiologie afin de mieux comprendre l’émergence de l’AGH et d’orienter le développement d’interventions de gestion du risque en santé humaine et animale.
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    Pharmaco-toxicologie cardiovasculaire : développement et validation de biomarqueurs précliniques d'effets secondaires
    Boulay, Emmanuel; Authier, Simon; Troncy, Éric (2024-11)
    L'intervalle QT de l'électrocardiogramme (ECG) est un biomarqueur clé pour évaluer le risque d'arythmies induites par les médicaments, bien que son interprétation puisse conduire à des faux positifs. L'allongement du QT peut être dû à deux sous-parties distinctes : le J-Tpeak (JTp), reflétant la repolarisation précoce et associé à un risque pro-arythmique, et le Tpeak-Tend (Tpe ou TpTe), dont l'allongement seul n'est pas lié aux torsades de pointes (TdP). Les médicaments qui prolongent le QT en augmentant Tpe sans modifier JTp ne devraient pas être considérés comme pro-arythmiques. Toutefois, cette distinction n'est pas toujours prise en compte en préclinique, ce qui peut conduire à l'abandon prématuré de candidats médicamenteux. Cette thèse vise à identifier des biomarqueurs ECG plus fiables que le QT pour mieux prédire le risque pro-arythmique des médicaments en développement. Le premier volet de ce travail repose sur une étude rétrospective analysant les effets de plusieurs médicaments (dofétilide, sotalol, vérapamil, médétomidine, cisapride) sur les intervalles QTca, JTpca et Tpeca (i.e., «ca» signifiant covariate adjusted) chez le chien Beagle et le singe cynomolgus. Les résultats montrent que le dofétilide et le cisapride allongent QTca et JTpca sans affecter Tpeca chez l'animal, tandis que le sotalol prolonge tous les intervalles ECG. En revanche, le vérapamil réduit QTca et JTpca tout en augmentant Tpeca, ce qui suggère une moindre toxicité sur le QTca. Le deuxième volet explore les facteurs confondants (i.e., température corporelle, adrénaline) pouvant influencer QT et ses sous-composants chez le chien Beagle. L'adrénaline diminue QTca et JTpca, contrairement aux attentes basées sur la littérature. L'impact de divers médicaments (dofétilide, vérapamil, ranolazine) est également évalué. L'étude met en évidence la variabilité du Tpeca et explore une approche par vectocardiogramme pour améliorer sa mesure, bien que des défis méthodologiques limitent son application. Le troisième volet est une étude prospective sur le singe cynomolgus, comparant les effets du dofétilide, de la quinidine, du vérapamil et de la mexilétine aux données cliniques humaines. Les résultats montrent que dofétilide et quinidine prolongent QTca et JTpca sans modifier Tpeca, tandis que la mexilétine diminue QTca et JTpca sans effet sur Tpeca, résultats conformes aux observations cliniques. Enfin, une modélisation in silico basée sur le modèle O'Hara-Rudy permet d'évaluer l'effet de l'inhibition de différents canaux ioniques sur la durée du potentiel d'action (APD). L'inhibition d'IKr entraîne la plus forte prolongation de l'APD. L’inhibition des canaux ICa et INa prolongent également la durée du APD. L'intégration de plusieurs canaux dans la modélisation améliore la prédiction du risque pro-arythmique. Bien que l'objectif initial ait été d'identifier des biomarqueurs plus fiables que l'intervalle QT pour évaluer le risque pro-arythmique au moyen de l'ECG, nos résultats révèlent que les biomarqueurs JTpca et Tpeca peuvent être adaptés à cette tâche chez les animaux, mais l'évaluation du Tpeca reste variable et présente des limitations méthodologiques. Cette thèse met en lumière la nécessité de développer des biomarqueurs plus robustes pour améliorer l’innocuité cardiaque préclinique. Une meilleure compréhension et l'optimisation des enregistrements ECG amélioreraient l'évaluation préclinique du risque pro-arythmique et l'innocuité des médicaments.
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    Dynamics of staphylococcal intramammary infections and their impact on udder health and quarter-milk yield in dairy cows
    Kurban, Daryna; Dufour, Simon; Roy, Jean-Philippe; DeVries, Trevor (2025-03)
    Sur les fermes laitières canadiennes, les espèces de staphylocoques sont responsables de la majorité des infections intramammaires (IIM) chez les vaches en lactation ou taries. La prévalence spécifique des espèces de staphylocoques n'est pas la même chez les vaches primipares que chez les multipares. L’objectif général de la thèse était de mieux décrire l’épidémiologie spécifiques à l’espèce des IIM aux staphylocoques et leur impact sur le compte de cellules somatiques (CCS) et la production laitière de quartiers infectés de la glande mammaire pendant les périodes de tarissement et de la lactation chez les vaches primipares et multipares. Le MALDI-TOF (spectrométrie de masse par temps de vol suite à la désorption/ionisation laser assisté par matrice) est un outil fiable pour l'identification précise, au niveau de l'espèce, de nombreux micro-organismes isolés du lait bovin. Ces microorganismes ne sont pas tous des agents pathogènes potentiels. Le premier objectif de cette thèse était de décrire les microorganismes, y compris les espèces de staphylocoques, qui ont été identifiés à partir d'échantillons de lait à l'aide du MALDI-TOF et leur association avec l’augmentation du compte de cellules somatiques (CCS), ainsi que les lacunes de connaissances concernant leur pertinence pour la santé de la mamelle. Un modèle d'étude mixte (méta-analyse et revue de recensement) a été choisi. Pour la méta-analyse, deux ensembles de données multi-pays de résultats d'échantillons de lait de quartiers (apparemment en santé, n=50 429 vs. cas de mammite clinique (MC), n=43 924) ont été organisés. Chaque espèce répertoriée dans nos ensembles de données a fait l'objet d'une recherche sur PubMed afin de déterminer si une augmentation du CCS ou des signes de MC étaient associés à l’identification de microorganismes dans le lait. Deux cent quatre-vingt-quatorze espèces différentes de micro-organismes ont été identifiées. Il n'existe aucun rapport scientifique concernant l'association avec la MC ou le CCS pour 70 % de ces espèces. Dans notre ensemble de données de MC, certaines d'entre elles ont été fréquemment isolées dans le lait des quartiers atteints de MC. Certaines des espèces de staphylocoques non-aureus (NAS) non-signalées auparavant comme agents pathogènes de la mammite (Staphylococcus agnetis, S. arlettae, S. auricularis, S. capitis, S. devriesei, S. equorum, S. gallinarum, S. haemolyticus, S. hominis, S. microti et S. succinus) ont été associées à un CCS élevé ou à des cas de MC. Pour répondre aux trois objectifs suivants de la thèse, une étude observationnelle longitudinale avec collecte de données sur cinq fermes laitières commerciales équipées d'un système de traite automatisé (QC, Canada) a été réalisée. Les fermes ont été visitées une fois aux 2 semaines pour collecter de manière aseptique des échantillons de lait de quartier de chaque vache. Environ 450 vaches ont été recrutées au tarissement (entre 28 et 14 jours avant le tarissement) ou au début de la lactation (3 à 14 jours en lait) et suivies pendant les périodes respectives (tarissement et lactation), en fonction de l'objectif. Les espèces de staphylocoques ont été identifiées dans les échantillons de lait par culture bactériologique suivie de MALDI-TOF. Le deuxième objectif était de décrire la prévalence spécifique à l'espèce des IIM aux staphylocoques lors du premier vêlage et des vêlages suivants, ainsi que leur incidence et leur persistance au cours de la période de tarissement. La prévalence des IIM aux staphylocoques varie en fonction de la parité et du stade du cycle de production (lactation ou tarissement). Les vaches primipares avaient une prévalence légèrement plus élevée d'IIM aux staphylocoques au vêlage que les vaches multipares. Staphylococcus chromogenes était l'espèce la plus fréquemment isolée au début de la première lactation. Chez les vaches plus âgées, S. aureus, S. xylosus, S. chromogenes, S. simulans, S. epidermidis et S. haemolyticus ont pu persister tout au long de la période de tarissement. Le troisième objectif de la recherche était de décrire la prévalence, l'incidence et les taux d'élimination des infections aux staphylocoques spécifiques à chaque espèce pendant la lactation. Les IIM aux staphylocoques les plus fréquentes pendant la lactation chez les vaches primipares étaient causées par S. chromogenes, tandis que les IIM de S. aureus, S. epidermidis et S. haemolyticus étaient plus fréquentes chez les vaches multipares. En général, au cours de la lactation, S. aureus, S. chromogenes, S. simulans et S. epidermidis ont surtout causé des IIM persistantes, et les IIM de S. auricularis, S. equorum, S. haemolyticus, S. hominis et S. xylosus ont surtout été transitoires. Le quatrième objectif de cette thèse était d'étudier les changements au niveau des quartiers du score de cellules somatiques du lait (SCS) et de la production de lait à la suite d'IIM causées par les espèces de staphylocoques les plus fréquentes. Chez les vaches primipares, seules les IIM post-vêlage causées par S. aureus et S. chromogenes ont été associées à une inflammation mesurable dans les quartiers infectés au cours de la lactation qui a suivi. Aucun changement mesurable de la production laitière au niveau des quartiers en relation avec les IIM aux staphylocoques post-vêlage ou en lactation n'a été observé chez les vaches primipares. Chez les vaches multipares, seules les IIM causées par S. aureus et S. epidermidis en début de lactation ont été associées à un SCS plus élevé au niveau du quartier et à une perte de production laitière au niveau du quartier au cours de la lactation qui a suivi. Malgré l'inflammation mesurable associée à de nombreuses IIM aux NAS, il n'y avait généralement pas de corrélation négative avec la production laitière. Par conséquent, la lutte contre ces infections dans les exploitations laitières n'est probablement pas une priorité, mais elle peut avoir un impact positif sur la qualité du lait de réservoir (c'est-à-dire, le contrôle du niveau de CCS).
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    Functions of tribbles (TRIB) pseudokinase proteins in the bovine ovary
    Pashaei, Maryam; Ndiaye, Kalidou (2024-07)
    La croissance folliculaire anormale, l'anoestrus et l'anovulation sont parmi les principales causes de la baisse de fertilité chez les bovins laitiers à haut rendement. Lors de la croissance folliculaire et de l'ovulation, les cellules stéroïdogènes, y compris les cellules de granulosa (GC), jouent un rôle crucial dans la maturation et la libération de l'ovocyte. Il est donc essentiel de décrire en détail les processus physiologiques et pathologiques régulant la fonction ovarienne. Des études précédentes de notre laboratoire ont identifié et caractérisé pour la première fois un membre de la famille des pseudo-kinases Tribbles (à savoir TRIB2) dans les cellules ovariennes de granulosa. La famille Tribbles comprend des protéines de type sérine-thréonine kinase largement exprimées (TRIB1, TRIB2 et TRIB3) qui peuvent jouer des rôles cruciaux dans divers processus biologiques tels que la coordination de la mitose et de la morphogenèse, la maturation des ovocytes et la prolifération cellulaire. Cependant, leurs rôles exacts dans la fonction des cellules de granulosa et leurs effets sur les voies de signalisation impliquées dans la croissance folliculaire et l'ovulation restent inconnus. Nous avons émis l'hypothèse que les pseudo-kinases TRIB jouent des rôles cruciaux dans la régulation de la fonction et de l'activité des cellules de granulosa au cours des dernières étapes du développement folliculaire et peuvent activer des voies de signalisation distinctes. L'objectif de la présente étude était donc d'examiner les fonctions des membres TRIB dans les cellules de granulosa bovine avec les objectifs spécifiques suivants : 1) Analyser l'expression et la régulation des membres TRIB dans différents types cellulaires folliculaires et modèles de culture ; 2) Étudier les fonctions des membres TRIB dans les cellules GC en utilisant l'approche CRISPR/Cas9. En utilisant un modèle d'étude in vivo composé de cellules GC obtenues à partir de follicules à différents stades de développement, nous avons confirmé la régulation négative de TRIB2 par l'hormone lutéinisante (LH) / hormone chorionique gonadotrope humaine (hCG) et la régulation positive de TRIB1 et TRIB3 aux niveaux de l'ARN et des protéines par la LH. Nous avons montré que TRIB2 est presque exclusivement présent dans les cellules GC et dans les follicules dominants (DF) alors qu'il est absent dans les cellules de la thèque (TC) et régulé négativement dans les follicules ovulatoires (OF) par hCG, tandis que TRIB1 et TRIB3 sont présents dans les cellules TC des DF ou OF. TRIB1 et TRIB3 sont exprimés dans les cellules GC uniquement dans les OF post-hCG et non dans les DF. Les résultats suggèrent que la contribution des cellules TC à l'expression de TRIB2 dans l'ovaire bovin est très limitée par rapport aux cellules GC. Nos données ont montreé que TRIB1 et TRIB3 sont induits par hCG, suggérant des rôles significatifs, respectivement, dans le processus d'ovulation ou la formation et la fonction du corps jaune. Les résultats d'immunohistochimie ont montré la présence de TRIB2 dans la couche GC des DF par rapport à la couche TC et absente dans les OF post-hCG. L'analyse par Western blot a montré que TRIB2 et TRIB3 sont induits par la FSH mais à des moments différents. De plus, les données in vitro ont confirmé que la LH supprime l'expression de TRIB2, tandis que l'expression de TRIB3 est induite par la LH, en particulier 6 heures après le traitement avec LH. L'inhibition de TRIB3 via CRISPR/Cas9 suggère que, bien que TRIB3 puisse avoir un effet positif sur la voie de signalisation AKT dans les cellules GC, il a des effets négatifs sur la voie de signalisation P38MAPK. Nos données actuelles fournissent des preuves que TRIB2 pourrait être impliqué dans la prolifération des cellules GC et le développement folliculaire, tandis que TRIB1 et TRIB3 pourraient être impliqués respectivement dans les processus d'ovulation et de lutéinisation. En conclusion, les TRIB jouent des rôles cruciaux dans la régulation de la fonction et de l'activité des cellules de granulosa au cours du développement folliculaire et peuvent activer des voies de signalisation distinctes.
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    In vivo analysis of the effects of emerging enniatin mycotoxins using a murine Model of human intestinal microbiota
    Maytayapirom, Nantaporn; Alassane-Kpembi, Imourana; Costa, Marcio (2024-08)
    Cette étude visait à évaluer l’impact d’une exposition à des doses faible et élevée d’un mélange de mycotoxines émergentes du groupe des enniatines sur le microbiote intestinal à l’aide d’un modèle murin humanisé Sprague Dawley. L'hypothèse était que l'utilisation de ce modèle humanisé permettrait de caractériser la dysbiose induite par les enniatines. L'étude comprenait trois parties. Dans la phase initiale, une déplétion du microbiote a été induite chez 24 rats Sprague Dawley par un traitement par un cocktail d'antibiotiques mélangé à du sirop de cassis pendant 14 jours. Par la suite, les rats ont été répartis de façon aléatoire en deux groupes, recevant chacun des matières fécales fraîches par transferts fécaux bi-hebdomadaires de deux donneurs humains adultes (un mâle et une femelle) en bonne santé, pendant 3 semaines. Dans la phase finale, les 24 rongeurs humanisés ont été divisés en trois groupes en fonction de leur dose d’exposition orale aux enniatines pendant quatre semaines: un groupe contrôle (0 μg/kg de poids corporel d’enniatine), un groupe recevant 2 μg/kg de poids corporel d’enniatines par jour, correspondant au niveau d’exposition moyen aux enniatines dans la population humaine, et un groupe recevant 200 μg/kg de poids corporel d’enniatines par jour. Les doses d’enniatines étaient administrées mélangées à du syrop de cassis. Des échantillons fécaux ont été collectés au début, et chaque semaine tout au long de cette phase. La structure et la diversité du microbiote ont été évaluées à l’aide du kit d’extraction d’ADN de matières fécales QIAamp DNA stool micro kit et de la méthode du séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S. Les résultats de la phase de déplétion ont montré des différences significatives avant et après le traitement antibiotique, confirmant l'épuisement de la flore intestinale initiale des rats par le cocktail d'antibiotiques. De plus, nous avons réussi à générer un modèle de rat humanisé à partir du microbiote intestinal humain. L'établissement réussi d'un modèle animal humanisé a été confirmé par le transfert de divers phylums bactériens, notamment Bacteroidaceae, Bacteroidales, Bacteroides, Barnesiella, Bifidobacterium, Desulfovibriionales, Eggerthella, Enterococcaceae, Hungatella, Lachnospiraceae, Lactobacillaceae, Limosilactobacillus, Mycobacteriales, Peptostreptococcaceae, Romboutsia et Streptococcus. Dans la phase finale de l'étude, l'abondance relative de certains genres bactériens a été modifiée de manière dose-dépendante par l’exposition aux enniatines, bien que l'impact global des mycotoxines ait été limité. Cet impact global limité peut être dû au fort effet homogénéisant du sirop de cassis sur le microbiote dans tous les groupes expérimentaux, masquant potentiellement les effets des enniatines sur la structure du microbiote. Ces résultats indiquent que l’exposition aux enniatines, même aux doses moyennes observées dans la population humaine pourraient modifier significativement la composition du microbiote intestinal humain.
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    Caractérisation des effets d'un traitement probiotique sur la colonisation de Salmonella Typhimurium en présence d’un microbiote dérivé du contenu intestinal de porcelets maintenu dans un bioréacteur amélioré
    Grandmont, Amély; Thibodeau, Alexandre; Rhouma, Mohamed; Létourneau-Montminy, Marie-Pierre (2023-12)
    Salmonella est une bactérie zoonotique habituellement associée à un état de portage asymptomatique chez le porc. L’humain peut s’infecter principalement avec la consommation de produits dérivés du porc contaminés ce qui peut causer des gastro-entérites. Parfois, des complications peuvent avoir de graves conséquences. Quelques méthodes sont présentement utilisées pour contrôler Salmonella à la ferme, mais leur efficacité est variable. Les probiotiques ont été documentés comme une alternative intéressante aux antimicrobiens, notamment les Bacillus spp. Certaines études rapportent l‘efficacité des Bacillus contre Salmonella en plus d’avoir la capacité d’améliorer la santé digestive des porcs en partie grâce à leur grande production d’enzymes. Ce projet vise à caractériser l’effet inhibiteur d’un produit liquide à base de Bacillus contre Salmonella Typhimurium dans un système in vitro reproduisant en partie le microbiote intestinal du porc. Dans un premier temps, l’effet antibactérien du produit a été testé contre plusieurs bactéries, dont S. Typhimurium, de manière individuelle avec deux méthodes différentes : la méthode de diffusion sur disque et la méthode en bouillon. Le produit probiotique a été séparé en deux phases afin de mesurer l’effet du surnageant et du culot par ces méthodes. Les résultats provenant de la diffusion sur disque ont montré une inhibition de toutes les bactéries testées, mis à part le culot contenant les bactéries probiotiques Bacillus qui n’a pas montré d’effets contre S. Typhimurium. Les essais en bouillon ont montré une inhibition de Salmonella en 10 minutes et 6 heures pour des concentrations de Salmonella de 103 et 106 UFC respectivement. Dans un deuxième temps, des essais en bioréacteur ont été réalisés afin de mesurer l’effet inhibiteur du produit à base de Bacillus sur une communauté microbienne complexe, maintenue dans un bioréacteur, provenant du côlon de porcelets et qui a été inoculée avec S. Typhimurium. Deux modes d’administration du probiotique ont été testés : une dose quotidienne et une dose en continu. Des échantillons ont été récoltés pour mesurer les changements de la composition du microbiote associés à la présence du probiotique à T0, T24, T48, T72, T96 et T120 heures. Les résultats de cette phase du projet ont montré une diminution de Salmonella, une augmentation des bactéries totales et une modulation du microbiote (diversité alpha et bêta) pour les deux modes d’administration (p < 0,05). Le traitement en continu a été associé à plusieurs modifications significatives dans la composition du microbiote (p < 0,05). L’énergie, les protéines brutes et les acides gras à chaine courte (AGCCs) ont été quantifiés pour mesurer l’activité de ce microbiote. Une diminution de la concentration totale (mM/ml) des AGCCs, de l’acétate et une augmentation en proportion du propionate ont été observées (p < 0,05). Cette étude a permis de démontrer l’effet inhibiteur du produit à base de Bacillus sur Salmonella dans un contexte de communauté microbienne complexe en plus de montrer son potentiel en tant que modulateur du microbiote intestinal porcin.
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    Facteurs nutritionnels en prévêlage optimisant la qualité du colostrum et sa composition en vitamine B12 dans les fermes laitières au Québec
    Dubois, Kathrin; Buczinski, Sébastien; Duplessis, Mélissa; Côrtes, Cristiano (2024-09)
    Le colostrum de la vache est indispensable pour la santé et le bon développement de son veau, mais plus spécialement sa teneur en immunoglobulines et sa composition nutritionnelle. Puisque la circulation sanguine de la vache et du veau sont séparés durant la gestation, la consommation d’un colostrum de qualité rapidement après la naissance assure une réduction des taux de morbidité et de mortalité pour le veau immunonaïf et dont le rumen est sous-développé. Une hypothèse concernant la composition de la diète en prévêlage a été émise, supposant que celle-ci causerait une certaine variation de la composition du colostrum en immunoglobuline G (IgG) ainsi qu’en d’autres nutriments tels que la vitamine B12. L’objectif de cette étude était de déterminer les facteurs nutritionnels en prévêlage qui influencent les concentrations colostrales en vitamine B12 et en IgG. Au total, 62 troupeaux laitiers commerciaux du Québec ont été recrutés et les données de 51 de ces derniers ont été analysées dans le cadre de cette étude observationnelle. Dans chaque troupeau, de 3 à 12 vaches de 0 à 33 jours avant le vêlage ont été recrutées, pour un total de 494 vaches. Avant le vêlage, les vaches ont subi une prise de sang, leur poids corporel a été estimé et tous les ingrédients de la ration donnée aux vaches ont été échantillonnés et leurs quantités offertes respectives prises en note. Sur les 62 troupeaux initiaux, 22 possédaient un supplément en vitamine B12 dans la ration en prévêlage, alors que 40 troupeaux, non. Les producteurs ont prélevé un échantillon de colostrum issu de la première traite après le vêlage et ont rempli un questionnaire concernant la gestion du colostrum de chaque vache. Les échantillons de colostrum ont été analysés pour déterminer leur concentration en IgG et en vitamine B12. Les rations ont été reconstituées avant l’analyse de la composition nutritionnelle par chimie humide. Nos résultats suggèrent que la vitamine B12 dans le colostrum est positivement associée aux fibres alimentaires, ainsi qu’aux concentrations de phosphore, de cuivre et de zinc, et négativement associée à l’amidon, au gras et aux glucides non-fibreux de la ration. Une relation positive a également été observée entre la concentration colostrales en vitamine B12 et la supplémentation en vitamine B12 ainsi qu’avec les acides gras non estérifiés dans le plasma avant le vêlage. Une période de tarissement de plus de 65 jours a été associée à une plus faible concentration colostrale en vitamine B12 et les vaches entamant leur deuxième et troisième lactation comptaient des concentrations colostrales en vitamine B12 supérieures à celles des vaches de quatrième lactation en plus. La concentration sanguine en β-hydroxybutyrate de la vache avait un impact négatif sur la concentration colostrale en IgG. Il y a également été observée un impact négatif des pourcentages de suppléments protéiques et de minéraux sur la concentration colostrale en IgG, et une association positive entre cette concentration avec le pourcentage de supplément énergétique commerciaux. Nos modèles multivariés mixtes permettent d’expliquer 33 et 16% (pseudo-R2), respectivement, de la variation des concentrations colostrales en vitamine B12 et en IgG. Cela suggère donc que d’autres facteurs n’étant pas inclus dans l’étude actuelle ont un impact sur la variation de la concentration colostrale en vitamine B12 et en IgG.
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    Portrait de la colonisation par le Staphylococcus aureus sensible ou résistant à la méticilline chez les chevaux admis dans un centre hospitalier universitaire : prévalence et facteurs de risque de colonisation
    Allano, Marion; Sauvé, Frédéric; Archambault, Marie; Arsenault, Julie (2024-04)
    La bactérie Staphylococcus aureus (S. aureus) est un microorganisme aux multiples facettes. Les isolats résistants à la méticilline (SARM) constituent une cause majeure d'infections nosocomiales, tant en médecine humaine que vétérinaire. Les données épidémiologiques sont importantes pour l’élaboration de programmes de prévention et de contrôle des infections en milieu hospitalier. L’objectif principal de cette étude est d’estimer la prévalence et étudier les facteurs de risque de colonisation par le S. aureus et le SARM des chevaux présentés à l’hôpital équin de la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal. Les objectifs secondaires sont de déterminer la présence de SARM sur la peau chez les individus colonisés, et évaluer la durée de la colonisation par le SARM. Une étude transversale, menée sur 3 ans, a permis le recrutement de 228 chevaux admis pour des motifs non urgents au Centre Hospitalier Universitaire Vétérinaire (CHUV) de la faculté de médecine vétérinaire de Saint-Hyacinthe. Des prélèvements nasaux et de peau ont été réalisés à l'admission. Les échantillons nasaux ont été soumis au laboratoire de microbiologie pour culture et identification des S. aureus, grâce à la technologie MALDI-TOF. Les isolats résistants à la méticilline ont été identifiés à l’aide de géloses sélectives chromogéniques, et confirmés par un test de concentration minimale inhibitrice à l'oxacilline et une technique de diagnostic moléculaire (PCR mecA et mecC). En cas de SARM détecté sur le prélèvement nasal, l’échantillon de peau était soumis. Les prélèvements nasaux ont été répétés chez les individus colonisés jusqu'à l'obtention de deux cultures négatives. Pour l’exploration des facteurs de risque, les informations concernant la gestion de l'écurie, le type d’activité et les antécédents médicaux des chevaux ont été obtenues auprès des propriétaires via un questionnaire et la consultation des dossiers médicaux. Des régressions logistiques multivariées ont été utilisées pour modéliser les associations entre les facteurs de risque et la colonisation. La prévalence du portage nasal de S. aureus et de SARM dans la population de l’étude est respectivement de 17,5 % (IC à 95 % : 12,4-22,7) et de 6,2 % (IC à 95 % : 2,9-9,4). Les facteurs de risque de colonisation par le S. aureus et le SARM sont une hospitalisation dans les 6 mois précédents (S. aureus : rapport de cotes (RC) 3,5 – intervalle de confiance (IC) à 95 % 1,4-8,7 ; SARM : RC 6,1 - IC à 95 % 1,0-35,7) et l'année d'admission au CHUV (2022 vs. 2020-2021 ; 4 S. aureus: RC 3,3 – IC à 95% 1,5-7,1 ; RC 8,8 - IC à 95 % 1,7-90,9). De plus, être hébergé dans une écurie de plus de 10 chevaux constituait un facteur de risque additionnel d’être colonisé par le SARM (RC 5,9 - IC à 95 % 1,1-63,3). Aucun SARM n’a été détecté sur les prélèvements de peau des chevaux colonisés d’après les échantillons nasaux. Sur les 10 chevaux colonisés par le SARM et pour lesquels un suivi était disponible, un seul a été testé positif jusque 3 mois après l’admission. Un autre testait positif jusqu’à 30 jours suivant l’échantillonnage initial et 8 chevaux étaient négatifs au premier prélèvement de suivi, environ 14 jours après l’admission. La prévalence de colonisation nasale par le SARM dans notre population d’étude est non négligeable ; cependant, le portage semble transitoire. Outre des facteurs de risque d’ordre médical, l'importance des interactions sociales dans la transmission du SARM chez les chevaux est à prendre en considération.
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    Comparaison des indicateurs de l'usage d'antimicrobiens administrés par l'aliment chez les poulets de chair au Québec, Canada
    Ahmat, Djibrine Nassir; Arsenault, Julie; Boulianne, Martine (2024-04)
    L’utilisation d’antimicrobiens (UAM) dans les élevages de volailles est essentielle pour contrôler les maladies et les agents pathogènes. Cependant, l’UAM en production animale a été associée à l’émergence de la résistance aux antimicrobiens (RAM). La surveillance et l’utilisation judicieuse des antimicrobiens dans les fermes constituent des priorités impliquant la mise en place de systèmes de surveillance incluant des indicateurs permettant de quantifier de manière précise l’UAM dans les élevages. Notre étude vise à calculer 3 indicateurs différents de l’utilisation des antimicrobiens administrés par l’aliment dans les élevages de poulets de chair au Québec de 2017 à 2022, soit le milligrammes/Population correction unité (mg/PCU), le nombre de doses journalières définies canadiennes pour les animaux sur 1 000 poulets-jours à risque (nDDDvetCA/1 000 poulets-jours à risque) et le nDDDvetCA/1 000 poulets-jours à risque basé sur un poids estimé réel au moment du traitement, et à comparer les résultats obtenus par ces différentes méthodes de calculs. Les données sur l’UAM dans les aliments et la quantité de moulée consommée ont été obtenues des audits réalisés par les Éleveurs de volailles du Québec sur des fermes sélectionnées aléatoirement. La grille de poulets Ross a été utilisée pour estimer les poids des oiseaux au moment du traitement ainsi que les quantités d’aliments consommées quotidiennement, permettant de calculer le nDDDvetCA/1 000 poulets-jours à risque basé sur le poids estimé réel au moment du traitement dans chaque lot. Les résultats obtenus ont été comparés à ceux calculés en mg/PCU et nDDDvetCA/1 000 poulets-jour à risque (calculé avec un poids moyen standard de 1 kg). Vingt IAA administrés dans l’aliment des lots ont été identifiés. Les trois les plus utilisés étaient la bacitracine (51,6 %, n = 772 troupeaux), le monensin (43,9 %), et la nicarbazine (39,5 %). Les quantités moyennes d’antimicrobiens utilisés étaient de 122 mg/PCU, 512 nDDDvetCA/1 000 poulets-jours à risque et 507 nDDDvetCA/1 000 poulets-jours à risque basé sur un poids estimé réel au moment du traitement. Une corrélation élevée a été observée entre le nDDDvetCA/1 000 poulets-jours à risque et celui basé sur un poids estimé réel au moment du traitement. Les lots avec une forte UAM selon le nDDDvetCA/1 000 poulets-jours à risque basé sur un poids estimé réel au moment du traitement étaient également forts utilisateurs selon le mg/PCU et en nDDDvetCA/1 000 poulets-jours à risque. Le nDDDvetCA basé sur le poids réel au moment du traitement pourrait être utilisé pour identifier les troupeaux les plus gros UAM, car il prend en compte la croissance rapide des poulets de chair. Cela permet d’éviter la surestimation ou la sous-estimation des AAI administrés respectivement tôt ou tard pendant le cycle de production ce qui peut se produire en utilisant le nDDDvetCA/1000 poulets-jours à risque calculé avec un poids moyen standard de 1 kg pour les poulets de chair.
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    Évaluation de la distribution et de la viabilité des caméléons en milieu zoologique : analyse des causes de mortalité principales des Chamaeleonidae
    Aduriz, Amélie; Vergneau-Grosset, Claire; Lair, Stéphane (2023-07)
    Parmi les 202 espèces de caméléons, 38,6% sont menacées d’extinction. Actuellement, près de 1000 caméléons sont gardés en institutions zoologiques mondialement. Les objectifs de cette étude étaient d’évaluer la distribution des espèces et des sexes, le statut reproducteur, l’espérance de vie et les principales causes de mortalité des caméléons en zoo afin d’aider la recherche et favoriser la conservation de ces espèces. Une analyse de la distribution actuelle des caméléons a été faite en utilisant le Zoological Information Management Software (ZIMS) de Species360, et l’espérance de vie de sept espèces de caméléons a été estimée par des analyses bayésiennes de trajectoire de survie*. Un sondage a été envoyé à 245 institutions zoologiques, et des rapports de nécropsie des dix dernières années ont été collectés. Les causes de mortalité et la prévalence des lésions rénales ont été colligées. Présentement, 17,8% (36/202) des espèces de la famille des Chamaeleonidae sont représentées dans ZIMS, incluant 14,1% (11/78) des espèces menacées selon la classification de l’Union internationale pour la conservation de la nature (IUCN). Les mâles se sont avérés plus fréquents que les femelles en prenant en compte 36 espèces, 203 zoos, et 6 continents. Parmi les institutions participantes (65/245 contactées), 50,8% ont rapporté des naissances viables, incluant 12,3% dans les 12 derniers mois. Cinq espèces de caméléons (Calumma parsonii, Chamaeleo chamaeleon, Furcifer oustaleti, Trioceros jacksonii, Trioceros melleri) n’ont montré aucune différence d’espérance de vie selon le sexe. Les mâles caméléons panthères (Furcifer pardalis) et caméléons casqués du Yémen (Chamaeleo calyptratus) ont montré un avantage de survie significatif par rapport aux femelles de la même espèce. Les principales causes de mortalité chez 14 espèces (n = 412) étaient d’origine infectieuse (46,8%), rénale (11,4%) ou reproductrice (10,7%), et 41,7% des individus étudiés montraient des lésions rénales à la nécropsie. Les résultats de ce projet justifient des études sur les maladies infectieuses et rénales des caméléons, et suggèrent la nécessité d'élaborer un plan de survie des espèces pour les Chamaeleonidae. *Bayesian Survival Trajectory Analyses (BaSTA)
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    Pharmacocinétique et effets comportementaux d'une dose unique de trazodone par voie orale chez le lapin
    Gibert, Adalaïs; Cruz Benedetti, Inga-Catalina; Desmarchelier, Marion (2024-05)
    Cette étude prospective randomisée croisée évaluait la pharmacocinétique d’une dose unique de trazodone et ses effets sur l’activité et le comportement de lapines néo-zélandaises juvéniles intactes en santé. Les concentrations plasmatiques de trazodone furent déterminées par chromatographie liquide à haute performance-spectrométrie de masse chez six lapines immédiatement avant et jusqu’à 24 heures suivant l’administration du médicament. Huit lapines furent équipées d’accéléromètres et filmées pour évaluer l’activité et le comportement. Elles reçurent des doses orales selon un plan d'étude croisé à 3 jours d'intervalle : trazodone (TRAZ ; 20 mg/kg), placebo (PLAC) ou aucun traitement (CONTR). L’éthogramme partiel comprenait exploration/toilettage/vigilance/dissimulation. Les analyses furent réalisées sur 10 heures avec des modèles linéaires mixtes (p < 0,05). La concentration plasmatique maximale était de 6 592,6±586,5 ng/ml 15 à 30 minutes après le traitement. La demi-vie moyenne était de 3,24±0,49 heure. L’activité était plus grande dans TRAZ et PLAC à 0-2h après le traitement que dans CONTR. Dans TRAZ, l’activité était réduite à 2-10h par rapport à 0-2h. Les lapins recevant TRAZ exploraient davantage que PLAC et CONTR à 0-2h ; l’exploration était réduite dans TRAZ à 2-10h par rapport à 0-2h. Le toilettage était plus fréquent à 0-2h dans PLAC par rapport à TRAZ et CONTR et était réduit dans PLAC après 2h. Comparé à PLAC et CONTR, TRAZ se cachait moins et CONTR était plus vigilant que TRAZ et PLAC. Les lapins recevant la trazodone démontrèrent une réduction des comportements de dissimulation et de vigilance. D’autres études sont nécessaires pour évaluer son application clinique.
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    Évaluation et comparaison de pistolets-percuteurs à tige pénétrante de faible coût pour l’euthanasie des bovins
    Frazer, Stephen; Rousseau, Marjolaine; Denicourt, Martine; DesCôteaux, Luc (2024-02)
    Les données sur l’évaluation des pistolets-percuteurs à tige pénétrante (PPTP) peu coûteux utilisés pour l’euthanasie des bovins à la ferme sont peu nombreuses. Cette étude compare la profondeur de pénétration (PP) entre trois PPTP : le Blitz Kerner (BK), le Jarvis BA-BOOM (JB) et le Matador SS3000 (MS). La PP de 7 tirs dans la gélatine balistique 20% et de 10 tirs dans des têtes cadavériques bovines (6 à 111 mois) par pistolet-percuteur a été mesurée avec un pied à coulisse électronique et par tomodensitométrie respectivement. Dans les deux expériences, la charge de la cartouche a été mesurée et comparée. Pour la première étude, la PP du JB dans la gélatine (6,7 ± 0,7 cm) était plus profonde que celle du MS (6,4 ± 0,1 cm ; p = 0,026) et celle du BK (3,3 ± 0,5 cm ; p < 0,001), et la PP du MS était plus profonde que celle du BK (p < 0,001 ; Kruskal-Wallis). Dans les têtes cadavériques, tous les tirs ont perforé le crâne et causé des lésions cérébrales. Le MS avaient une PP plus profonde (8,6 ± 0,6 cm) que le JB (7,8 ± 0,7 cm ; p = 0,016) et le BK (7,1 ± 0,5 cm ; p < 0,0001), et le JB pénétraient plus profondément que le BK (p = 0,048 ; ANOVA). Cette étude suggère que les PPTP avec une énergie cinétique rapportée plus élevée (JB et MS) perforent plus profondément et ont donc une PP plus élevée. Il indique également que les trois PPTP sont capables de perforer le crâne du bovin et de provoquer des dommages consistants avec une perte de conscience ; cependant, des études in vivo sont nécessaires pour le confirmer.
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    Efficacité et effets comportementaux du foin étuvé dans la gestion de l’asthme équin sévère
    Symoens, Antoine; Leclère, Mathilde; Desmarchelier, Marion (2024-04)
    Les chevaux atteints d’asthme sévère sont fortement sensibles à la présence de particules respirables dans leur environnement qui peuvent induire une exacerbation clinique. La gestion et la diminution de cette pression antigénique de leur milieu représentent des éléments importants pour améliorer leur santé et confort. Le foin étant l’une des plus grandes sources de particules respirables, plusieurs procédés ont été développés afin de réduire la libération de ces particules par le fourrage. Notre étude s’intéresse à la technique de l’étuvage, un procédé fréquemment utilisé par les propriétaires, mais peu étudié in vivo, et durant lequel le foin est chauffé pendant 60 minutes avec de la vapeur d’eau. L’objectif est de déterminer ses effets sur les paramètres cliniques et le comportement alimentaire des chevaux asthmatiques. Lors d’une étude croisée prospective, neuf chevaux en exacerbation ont reçu des granulés de luzerne et du foin étuvé pendant quatre semaines. Des tests de fonctions pulmonaires et des scores cliniques ont été réalisés, de même que des scores de mucus trachéaux et des lavages broncho-alvéolaires. Des vidéos couvrant différentes périodes de 24h ont également été enregistrées afin d’analyser le comportement des chevaux. Les fonctions pulmonaires et les scores cliniques se sont améliorés de façon continue pour les chevaux recevant des granulés de luzerne, et seulement de façon transitoire pendant les deux premières semaines pour ceux nourris au foin étuvé. D’un point de vue comportemental, le foin étuvé est associé à un pourcentage de temps d’alimentation quotidien plus important. D’après cette étude, le foin étuvé seul présente une efficacité mitigée quant à l’amélioration des paramètres cliniques et de la fonction pulmonaire chez des chevaux asthmatiques sévères placés dans des conditions défavorables. Toutefois, il pourrait présenter des avantages comportementaux, mais aussi être associé à d’autres traitements et régimes (alimentaire ou médicamenteux) pour pallier ses inconvénients.
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    Using genetically modified Leishmania extracellular vesicles as a new treatment against miltefosine resistance
    Adrià-Verdeny, Max; Fernandez-Prada, Christopher (2024-06)
    La leishmaniose est une maladie zoonotique vectorielle, causée par le parasite protozoaire Leishmania, affectant des millions de personnes dans le monde. Il n'existe pas de vaccin pour la forme humaine, et les médicaments actuels, y compris la miltéfosine (MF), rencontrent une résistance croissante. Des découvertes récentes montrent que les vésicules extracellulaires (VEs) de Leishmania contribuent à la propagation des gènes de résistance aux médicaments in vitro. Il est donc crucial d'explorer de nouvelles méthodes pour lutter contre cette résistance, notamment à la MF. Nous avons étudié la capacité de Leishmania génétiquement sensibilisée, par la surexpression du complexe de transport d'internalisation de la MF (MT-Ros3), à produire des VEs et à moduler la sensibilité du parasite après un contact in vitro. La co-inoculation de parasites et de VEs de différentes souches a été évaluée à travers quatre approches différentes. Les analyses physiologique, protéomique et génomique des VEs ont caractérisé leur profil et guidé l'interprétation de la sensibilité aux médicaments. Les résultats montrent que les VEs sensibilisent la souche résistante (Li MF200.5) à la MF après un contact in vitro, surtout lorsqu'elles sont produites et transférées physiologiquement via la méthode Membrane semi-perméable. Ainsi, lorsque les VEs sont pré-incubées avec la MF pendant 3 jours, la sensibilité au médicament augmente significativement. Nous démontrons, pour la première fois, le rôle de "cheval de Troie" des VEs dans la réduction de la résistance à la MF, ouvrant ainsi la voie à de nouvelles stratégies pour combattre la résistance aux médicaments chez Leishmania et d'autres microorganismes.
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    Resensibilisation de Leishmania infantum résistant à l'antimoine par l'utilisation de vésicules extracellulaires modifiées génétiquement
    Theoret, Francesca; Fernandez-Prada, Christopher (2024-06)
    La leishmaniose est une maladie zoonotique affectant à la fois les chiens et les humains, transmise par la piqûre d’un phlébotome. Elle est causée par un parasite protozoaire du genre Leishmania et se manifeste sous trois formes principales, dont la plus grave est souvent mortelle chez l’humain. Or, la pharmacopée utilisée pour combattre cette maladie est très limitée, avec des médicaments qui sont non-spécifiques au parasite en plus d’être les mêmes chez les chiens et les humains. Cela contribue à l'aggravation de la résistance aux antiparasitaires, en particulier à l'antimoine, l'un des médicaments de première ligne contre cette maladie. Une découverte récente de notre laboratoire a mis en cause les vésicules extracellulaires (EVs) dans le développement de résistance chez Leishmania, en raison de leur capacité à transmettre horizontalement des gènes au sein d’une population de parasites. Dans ce projet de maîtrise, nous avons cherché à exploiter cette découverte et à créer des EVs qui faciliteraient le transfert de gènes permettant la resensibilisation des parasites résistants. Pour ce faire, nous avons créé des parasites surexprimant le gène AQP1, qui code pour une protéine de transport de l’antimoine. Nous avons ensuite produit des EVs à partir de ce parasite modifié, et nous en avons caractérisé la taille, la morphologie et le contenu protéique. Enfin, nous avons tenté la resensibilisation des parasites résistants, en utilisant ces EVs surexprimant AQP1. L’impact sur les parasites résistants a ensuite été évalué en termes de leur sensibilité à l’antimoine. Nous avons pu déterminer que certaines des méthodes utilisées avaient un effet significatif de resensibilisation à l’antimoine. Ces découvertes mettent de l’avant une approche innovante pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens, et explorent une application potentielle des EVs dans la médecine moderne.
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    Model-guided fieldwork to evaluate the spatial ecology, social behaviour and landscape impacts to the epidemiology of mongoose rabies in the Caribbean
    Sauvé, Caroline; Leighton, Patrick; Gilbert, Amy T. (2024-03)
    La petite mangouste asiatique (Urva auropunctata) est une espèce envahissante à travers son aire de répartition non indigène et un réservoir de la rage faunique dans quatre îles des Caraïbes. La rage de la mangouste représente une menace persistante pour la santé publique et des efforts de recherche sont déployés afin de récolter l’information sur l’écologie de l’espèce nécessaire au développement de stratégies d’interventions pour la contrôler. J’ai appliqué l’approche du travail de terrain guidé par la modélisation afin d’améliorer notre compréhension des facteurs complexes affectant la dynamique de la rage chez la mangouste et de récolter des informations écologiques essentielles pour réaliser des projections pour ce système éco-épidémiologique. J’ai paramétrisé un modèle de simulations à base d’agents à partir de l’information disponible sur la petite mangouste asiatique, puis réalisé une analyse de sensibilité afin d’identifier les paramètres pour lesquels des données empiriques additionnelles sont les plus nécessaires pour améliorer notre capacité de modéliser ce système éco-épidémiologique. Cette initiative de modélisation de la rage de la mangouste a mis en évidence que plus d’information sur les densités spécifiques à l’habitat, les domaines vitaux, les mouvements à fine échelle des adultes, la dispersion juvénile, certains traits biodémographiques et les taux de contacts intraspécifiques amélioreraient substantiellement la paramétrisation du modèle. J’ai choisi de concentrer ma collecte de données empiriques sur trois de ces éléments: la densité spécifique d’habitat, l’utilisation de l’espace, et les interactions intra- et inter-spécifiques. J’ai effectué une étude de marquage-recapture qui a révélé une forte hétérogénéité dans la densité des mangoustes dans différents types d’habitats représentatifs du paysage des îles caribéennes. Les densités les plus grandes ont été mesurées dans les forêts sèches. Puisque les mangoustes n’ont pas de prédateurs sur l’île de Saint-Christophe et qu’elles n’y sont pas exposées au virus de la rage, les densités de mangoustes spécifiques à l’habitat rapportées dans cette étude pourraient être considérées comme des capacités de support du milieu pour les populations des Caraïbes. J’ai aussi mené une étude où 23 mangoustes ainsi que 5 chiens domestiques en liberté étaient suivis simultanément par télémétrie dans le sud de l’île de Puerto Rico. J’ai utilisé les données de localisation GPS pour estimer la taille et le niveau de superposition intra- et interspécifique des domaines vitaux chez ces deux espèces. Les domaines vitaux des mangoustes mesurés étaient plus grand que les tailles rapportées dans des études de suivi par radio-télémétrie très haute fréquence (very high frequency; VHF) réalisées précédemment à Puerto Rico. La collecte de données télémétriques de haute résolution spatiotemporelle a permis l’ajustement d’une fonction de sélection des ressources, qui a révélé qu’à l’échelle de leur domaine vital et dans cette région de Puerto Rico, les mangoustes utilisaient préférentiellement les forêts et les zones arbustives, alors qu’elles avaient tendance à éviter les eaux saumâtres, les marais salants, les terres nues et les zones développées. Les domaines vitaux des mangoustes se chevauchaient fortement, alors que le chevauchement entre les domaines vitaux des mangoustes et des chiens était intermédiaire. Le chevauchement dyadique des domaines vitaux était un facteur prédictif significatif des taux de contacts dyadiques intra- et interspécifiques estimés à partir des enregistreurs de proximité. Les contacts entre mangoustes et entre mangoustes et chiens étaient peu fréquents. Toutes les interactions mangouste-chien impliquaient l’un des trois chiens féraux, alors qu’aucun des deux chiens errants n’a interagi avec des mangoustes. Enfin, alors que les interactions intraspécifiques entre mangoustes se sont produites en milieu naturel, les interactions entre chiens et mangoustes étaient limitées aux bords de routes ou aux lisières de forêts. L’utilisation de l’espace par les chiens errants et leur association avec les humains pourraient donc limiter les contacts directs avec les mangoustes ainsi que les risques de transmission interspécifique de la rage qui pourraient y être associés. Ces résultats peuvent être utilisés pour affiner la paramétrisation ("probabilité d’interaction avec agents de cellules voisines" et "probabilité de transmission" spécifique au sexe) dans notre modèle épidémiologique de la rage chez la mangouste. Reproduire cette étude dans d’autres régions de Puerto Rico où les mangoustes et les chiens domestiques co-occurrent serait indiqué. Finalement, j’ai réalisé une expérience de réduction locale de la densité de population des mangoustes et quantifié les réponses démographique et comportementales de mangoustes équipées de colliers VHF sur le site. La densité de la population des mangoustes est retournée à son niveau initial estimé en sept semaines, principalement via l’immigration de femelles gestantes et/ou en lactation. En outre, des mangoustes munies de colliers émetteurs utilisant le site pour leurs activités quotidiennes avant l’intervention ont augmenté leur présence sur le site pour les cinq à 30 jours suivant la réduction locale de la population. Sur les îles où la rage est endémique, un tel effet de puits à la suite de réduction de la population est susceptible d’avoir des implications sur la dynamique de la rage à l’échelle du paysage. Il remet aussi en question certaines suppositions de modèles de simulation épidémiologique de la rage faunique voulant que le contrôle de la population élimine une proportion d’individus définie par l’utilisateur dans les cellules où l’intervention a lieu, après quoi les processus biologiques et épidémiologiques du modèle reprennent sans altération. Nos résultats suggèrent qu’il pourrait être important d’incorporer des mécanismes spécifiques au sexe et au statut reproducteur pouvant attirer certains individus vers les cellules dépeuplées aux modèles simulant la rage chez cette espèce. Cela permettrait de monitorer les changements dans les mouvements et les contacts sociaux associés à la réduction locale de la population. Les résultats de cette thèse améliorent notre compréhension de l’abondance, de l’utilisation de l’espace et du comportement de l’espèce invasive qu’est la petite mangouste asiatique. Ils fournissent également des données contribuant de manière importante à augmenter notre capacité de modéliser la dynamique de la rage dans les Caraïbes. L’intégration des informations collectées dans le cadre de cette thèse pour raffiner la paramétrisation de simulations de la rage de la mangouste permettra de tester plusieurs hypothèses afin de guider les gestionnaires élaborant des interventions spatiales visant à mitiger les dommages et/ou les conséquences des maladies associées à cette espèce. Ma thèse représente donc un exemple concret de travail interdisciplinaire abordant un problème ‘Une seule santé’, où des modélisateurs et biologistes de terrain ont travaillé étroitement ensemble afin de se pencher sur le défi complexe du contrôle des maladies zoonotiques à l’échelle du paysage en ciblant des populations fauniques.