Faculté de médecine – Thèses et mémoires

URI permanent de cette collectionhttps://hdl.handle.net/1866/2591

Cette collection présente les thèses et mémoires des étudiant.e.s de la Faculté de médecine de l'Université de Montréal. Depuis l'automne 2018, les thèses et mémoires du Département de Kinésiologie de l'Université de Montréal sont maintenant, conformément au nouveau rattachement de cette unité à la Faculté de médecine, disponible dans cette collection.

1990 - : Couverture exhaustive (quelques titres manquants)
avant 1990 : Période non couverte ou couverture partielle

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Big Data approaches to viral genomics and evolutionary dynamics of SARS-CoV-2
Mostefai, Fatima; Hussin, Julie (2025-04)
Grâce aux avancées des technologies de séquençage à haut débit, les ensembles de données génomiques deviennent de plus en plus volumineux et complexes, ce qui les rend difficiles à analyser. Par exemple, le SARS-CoV-2 a été séquencé à une échelle sans précédent, générant une immense quantité de données génomiques sur la population virale. Le SARS-CoV-2 a évolué en plusieurs variants préoccupants en accumulant des mutations bénéfiques non seulement au niveau de la population lors de la transmission (inter-hôte), mais également au niveau de l’hôte pendant l’infection (intra-hôte). Les variantes de nucléotides uniques intra- hôtes (iSNVs) désignent des variations génétiques qui apparaissent durant la phase intra-hôte, résultant de mutations dans le génome viral. Dans cette thèse, je propose que l’utilisation des approches bioinformatiques appliquées aux données massives dans un contexte de pandémie peut, en temps opportun, révéler des informations essentielles sur les dynamiques évolutives du virus, tant à l’intérieur des hôtes qu’entre eux. Mon objectif est de concevoir et de mettre en œuvre des workflows bioinformatiques capables de traiter et d’analyser efficacement le volume sans précédent de données génomiques sur le SARS-CoV-2 générées pendant la pandémie de COVID-19. Je présente deux workflows de traitement de données génomiques développés pour affiner et harmoniser les données sur le SARS-CoV-2 provenant de centres de séquençage à travers le monde. Le premier curé des séquences consensus de haute qualité issues de GISAID ; le second identifie et analyse les variantes émergentes intra-hôtes (iSNVs) à partir des librairies de séquences de la NCBI. J’illustre l’utilité analytique de ces ensembles de données harmonisés au niveau mondial en analysant les résultats obtenus. Mes analyses ont montré que (a) les méthodes de génétique des populations complètent les approches phylogénétiques pour identifier les dynamiques évolutives globales du virus ; (b) les iSNVs émergents intra- hôtes influencent les dynamiques évolutives du SARS-CoV-2 ; et (c) bien que la majorité des mutations émergentes soient neutres ou légèrement délétères, les substitutions C-vers-T présentent une meilleure fitness et offrent probablement un avantage sélectif, tandis que les mutations G-vers-T sont plus délétères et impactent négativement la fitness virale. Ces résultats apportent des contributions concrètes aux outils de surveillance et à la préparation aux pandémies, en mettant l’accent sur l’évolution virale lors de l’infection. La diversité intra-hôte souligne l’importance de limiter la durée des infections pour réduire la capacité du virus à s’adapter. En intégrant des stratégies de surveillance couvrant à la fois les infections courtes et prolongées, nous pouvons améliorer notre capacité à prédire et répondre à l’émergence de variants préoccupants. L’harmonisation des données génomiques mondiales peut renforcer les stratégies de santé publique et la préparation aux pandémies en améliorant notre capacité à analyser la diversité virale, le traçage des lignées et l’évolution adaptative.
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L’impact d’un soin thérapeutique en réalité virtuelle sur la perception de la douleur : une étude psychophysiologique expérimentale
Diallo, Sanoussy; Potvin, Stéphane (2024-08)
Cette étude explore l'impact de la réalité virtuelle (RV) sur la perception de la douleur en comparant un environnement VR immersif, initialement conçu pour les patientes atteintes d'endométriose, à une condition de contrôle active. Objectif : L'objectif était de déterminer si la VR pouvait réduire l'intensité et l'inconfort de la douleur expérimentale. Méthodes : Vingt-et-un volontaire en bonne santé ont participé à l'étude, où une chaleur continue a été appliquée sur leur avant-bras gauche pour induire de la douleur, mesurée avant, pendant, et après l'exposition à la RV et à la condition de contrôle. Résultats : Les résultats montrent qu'il n'y a pas de différence significative dans l'intensité de la douleur entre les deux conditions. Cependant, l'aspect désagréable de la douleur a diminué de manière significative pendant l'exposition à la RV, avec une réduction de 27,2 % (IC à 95 % : [14,19 % ; 40,37]; écart-type = 28,76), un effet qui n'a pas été observé dans la condition de contrôle. Aucun facteur psychologique ou physique n'a pu prédire les effets analgésiques de la RV. Discussion : En conclusion, la RV a principalement réduit l'aspect émotionnel de la douleur pendant l'exposition, probablement grâce à son immersion (visuels 3D et battements binauraux). Les résultats suggèrent que cet outil pourrait être testé sur des patients souffrant de douleurs chroniques, surtout ceux présentant un niveau élevé de détresse émotionnelle.
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Sex specific differences in Alzheimer’s disease and vascular cognitive impairment and dementia plasma biomarkers in healthy individuals
Mianoor, Zainab; Badhwar, AmanPreet (2024-08)
Le dimorphisme sexuel dans les processus physiologiques est reconnu depuis longtemps, avec de plus en plus d’études suggérant que ces disparités s'étendent au niveau protéomique. Cependant, il existe un manque notable dans la littérature concernant l'analyse de ces différences dans les protéines associées à la pathologie cérébrovasculaire, empêchant une compréhension complète des processus moléculaires impliqués dans les maladies cérébrovasculaires et le développement de traitements spécifiques au sexe. Cette étude vise à investiguer les différences spécifiques au sexe dans les protéines plasmatiques humaines qui sont exprimées de manière différentielle dans la vasculature cérébrale des modèles murins de maladies neurodégénératives liées à l'âge. En utilisant des échantillons de plasma d'une cohorte diversifié (7 hommes et 7 femmes ; BioIVT (Biospecimens and Research Services)), nous avons éliminé les protéines abondantes et réalisé une protéomique shotgun sur un spectromètre de masse NanoLC couplé à Orbitrap Eclipse Tribrid. Les échantillons dans lesquelles les protéines abondantes n’ont pas été éliminées ont également été analysés. Les niveaux relatifs des protéines ont été ré-analysés en utilisant la protéomique ciblée (monitorage de réaction parallèle, PRM), et les résultats ont été évalués pour les différences spécifiques au sexe en utilisant des méthodes statistiques. La protéomique shotgun a identifié 1 072 protéines, l'épuisement augmentant la sensibilité pour la plupart des protéines. L'analyse PRM a identifié au moins 15 protéines avec des différences spécifiques au sexe significatives, y compris apolipoprotéine E (APOE), cluster de différenciation 14 (CD14), carnosine dipeptidase 1 (CNDP1), chaperon BiP du réticulum endoplasmique (HSPA5), molécule d'adhésion cellulaire vasculaire 1 (VCAM 1). Ces protéines couvrent diverses catégories fonctionnelles, telles que la réponse immunitaire, la régulation métabolique et la santé cardiovasculaire. Les niveaux élevés de protéines spécifiques comme APOE et HSPA5 chez les femmes suggèrent des implications potentielles pour la susceptibilité aux maladies cérébrovasculaires, reflétant les résultats des modèles murins transgéniques de pathologie cérébrovasculaire dans la maladie d'Alzheimer et la VCID. Comprendre ces modèles d'expression protéique spécifiques au sexe dans des échantillons de plasma de personnes en santé est important pour développer des interventions thérapeutiques personnalisées et améliorer les stratégies de soins de santé. Cependant, des travaux futurs sont nécessaires pour valider ces résultats sur des échantillons cliniques afin d'assurer leur applicabilité dans des contextes pathologiques.
Embargo
Faisabilité, acceptabilité et effets d’un programme de téléréadaptation du plancher pelvien offert en groupe pour réduire les fuites urinaires chez les femmes âgées
Le Berre, Mélanie; Dumoulin, Chantal; Filiatrault, Johanne (2024-06)
L’incontinence urinaire (IU) touche une femme sur trois après 65 ans. Bien que la réadaptation du plancher pelvien soit le traitement recommandé en première ligne pour traiter l’IU, moins de la moitié des femmes présentant des fuites reçoivent des soins. Les raisons de ce manque de traitement sont multiples mais pointent vers une accessibilité limitée de la rééducation périnéale. Dans ce contexte, un programme de rééducation périnéale destiné à des groupes de femmes a été développé au sein de l’étude Group Rehabilitation Or IndividUal Physiotherapy (GROUP) : le programme GROUP. Ce programme propose douze rencontres hebdomadaires comprenant des capsules éducatives et des exercices des muscles du plancher pelvien (MPPs), ainsi qu’un programme d’exercices des MPPs à compléter à la maison cinq fois par semaine. Après les douze semaines, un programme d’exercices de maintien sans supervision est également prévu. Suite à son évaluation dans le cadre d’un essai clinique randomisé de non-infériorité, le programme GROUP a été jugé non-inférieur au traitement individuel usuel. De plus, il a démontré un meilleur rapport coût-efficacité, offrant ainsi une solution prometteuse pour améliorer l’accessibilité des soins de continence. Cependant, la pandémie de coronavirus a temporairement freiné le déploiement des traitements de groupe et mis en lumière l’importance de développer des options de traitement à distance. Ainsi, le programme GROUP a été adapté en un programme de téléréadaptation du plancher pelvien offert en groupe, visant à réduire les fuites urinaires chez les femmes âgées : le programme téléGROUP. Cette thèse s’est penchée sur la faisabilité, l’acceptabilité et les effets du programme téléGROUP. Trente-quatre femmes âgées ont participé au programme. Lors de l’évaluation de la faisabilité du programme téléGROUP, les participantes ont démontré une faible attrition, une assiduité et une adhésion aux exercices élevées, ainsi qu’une bonne satisfaction quant aux effets du programme sur leurs symptômes d'IU. Les physiothérapeutes ayant réalisé les évaluations des femmes avant leur participation ont rapporté une grande acceptabilité du programme. La fidélité au programme tel qu’initialement conçu était bonne. Lors de l’exploration de l’acceptabilité du programme téléGROUP, les femmes âgées ayant participé au programme et la physiothérapeute ayant animé les séances du programme ont rapporté une confiance accrue avec la technologie utilisée. Les femmes âgées participantes ont aussi exprimé une auto-efficacité élevée quant à la gestion de leurs symptômes et la contraction de leurs MPPs, ainsi qu’une confiance élevée en leur assiduité aux séances et aux exercices à faire à la maison. Malgré certaines appréhensions initiales, le programme a suscité des attitudes affectives positives autant de la part des femmes âgées participantes que de la physiothérapeute, qui ont perçu une bonne efficacité clinique du programme. Les femmes âgées participantes ont rapporté cependant des contraintes de temps, tandis que la physiothérapeute a rapporté des enjeux avec la gestion du temps. L’élimination des déplacements a favorisé l'engagement des femmes âgées au sein du programme. Le programme s'alignait avec les valeurs des femmes âgées participantes et de la physiothérapeute, et les femmes âgées participantes reconnaissaient le rôle important des exercices dans l’amélioration de leurs symptômes. Lors de l’évaluation des effets du programme téléGROUP, les femmes âgées ont rapporté une diminution cliniquement significative de leurs fuites quotidiennes suite au programme et lors d’un suivi six mois après avoir complété le programme. De plus, elles ont rapporté des améliorations significatives quant à la sévérité de leurs symptômes d’IU, leur qualité de vie liée à l'IU, leur fonction vésicale, leur fréquence mictionnelle, leur auto-efficacité pour éviter les fuites urinaires, et leur auto-efficacité dans la réalisation des exercices de PFMT suite au programme et lors du suivi six mois après avoir complété le programme. Les participantes ont aussi rapporté une réduction significative de leurs dépenses mensuelles en produits d'incontinence jetables suite au programme. La réduction de ces dépenses n’était plus significative lors du suivi six mois après avoir complété le programme, possiblement en raison de données manquantes sur cette mesure. Les participantes ont exprimé une grande satisfaction à l'égard du programme. L’adhésion aux exercices de maintien était élevée. Le programme téléGROUP est ainsi apparu faisable, acceptable, et prometteur quant à ses effets cliniques. Davantage d’études sur le sujet sont toutefois nécessaires.
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L’impact du monitorage neurologique dans la prise en charge pharmacologique des patients dans un contexte de chirurgie cardiaque
Jarry, Stéphanie; Denault, André (2024-05)
Contexte. L’utilisation du monitorage neurologique dans un contexte de chirurgie cardiaque n’est pas considérée obligatoire. L’absence d’un consensus concernant l’efficacité et la perception que ces moniteurs ne sont pas fiables ou difficiles à interpréter demeurent les principales raisons pour lesquelles le monitorage de l’activité cérébrale n’est pas une pratique courante dans un contexte d’anesthésie cardiaque. Par contre, l’utilisation de l’électroencéphalogramme simplifié, de la spectroscopie par proche infrarouge et du Doppler transcrânien permet d’obtenir des informations complémentaires sur la fonction cérébrale et par le fait même, optimiser la prise en charge des patients. Actuellement, l’électroencéphalogramme simplifié est utilisé, afin de diminuer la quantité d’agents anesthésiques administrés au patient et par le fait même diminuer le temps d’éveil après la chirurgie, en plus d’éviter l’éveil du patient durant la procédure. La spectroscopie par proche infrarouge et le Doppler transcrânien permettent d’obtenir de l’information sur la perfusion cérébrale. Aussi, le Doppler transcrânien détecte la charge embolique au niveau du cerveau. Le programme de recherche de cette thèse vise à souligner l’importance et la pertinence du monitorage neurologique par le biais de l’électroencéphalogramme simplifié, de la spectroscopie par proche infrarouge et du Doppler transcrânien ainsi que le potentiel clinique de la combinaison de ces technologies, dans la prise en charge des patients. Les hypothèses de cette thèse sont les suivantes : 1) l’utilisation d’une anesthésie guidée par l’électroencéphalogramme simplifié permet de limiter l’instabilité hémodynamique des patients, lors du sevrage de la circulation extracorporelle et de diminuer la quantité d’agents vasoactifs et inotropiques administrés aux patients, lors de leur arrivée aux soins intensifs; 2) une charge embolique élevée pendant la procédure cardiaque augmente l’instabilité hémodynamique des patients, lors du sevrage de la circulation extracorporelle et; 3) le temps passé avec une désaturation cérébrale combinée à une altération concomitante de l’activité électrique du cerveau augmenterait la survenue de délirium, en plus d’augmenter le temps de dysfonctionnement organique, en période postopératoire. Résultats principaux. Le programme de recherche de cette thèse comprend 3 études distinctes, soit 2 études de cohortes rétrospectives et une étude de cohorte prospective, totalisant 572 patients pour qui les données cliniques ont été analysées. Dans un premier temps, nous avons démontré que l’utilisation d’une anesthésie guidée par l’électroencéphalogramme simplifié est associée à une réduction des agents vasoactifs et inotropiques dès l'arrivée du patient aux soins intensifs. Par contre, aucune association n’a été observée entre l’utilisation de ce dispositif et une réduction de l’instabilité hémodynamique lors du sevrage de la circulation extracorporelle. Dans un deuxième temps, nous avons démontré que la présence d’une charge embolique élevée pendant la procédure cardiaque augmente l’instabilité hémodynamique des patients, lors du sevrage de la circulation extracorporelle, comparativement aux patients disposant d’une charge embolique plus faible. Autrement dit, les patients chez qui nous détectons une quantité importante d’embolies cérébrale à l’aide du Doppler transcrânien recevront un support pharmacologique important, lors du sevrage de la circulation extracorporelle. Pour terminer, nous avons identifié que 94,5% des patients subissant une chirurgie cardiaque vont présenter une altération de l’activité électrique du cerveau sans désaturation cérébrale (indice d’état du patient < 25 et/ou burst suppression > 0%), pendant plus d’une minute, dans un contexte intraopératoire. Le temps passé avec une désaturation cérébrale combinée à une altération concomitante de l’activité électrique du cerveau (indice d’état du patient > 50 et burst suppression = 0%), le temps passé avec une désaturation cérébrale combinée à une activité électrique normale et le temps passé avec une saturation cérébrale normale combinée à une altération concomitante de l’activité électrique du cerveau (indice d’état du patient < 25 et/ou burst suppression > 0%) augmentent le risque de délirium. Le temps passé avec une désaturation cérébrale combinée à une altération de l’activité électrique du cerveau (indice d’état du patient < 25 et/ou burst suppression > 0%) augmente le temps de dysfonctionnement organique, en période postopératoire. Conclusion. Dans un contexte de chirurgie cardiaque, l’utilisation de l’électroencéphalogramme simplifié, de la spectroscopie par proche infrarouge et du Doppler transcrânien permet d'améliorer notre capacité à détecter la survenue d’instabilité hémodynamique, lors du sevrage de la circulation extracorporelle. Aussi, l’utilisation combinée de ces modalités permet de prédire la survenue de certaines complications en période postopératoire, tel que le délirium et un temps de dysfonctionnement organique prolongé.
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Fatigue de compassion et santé mentale : perceptions des préposés aux bénéficiaires travaillant auprès des personnes âgées
Labrecque, Charlotte; Lecours, Alexandra (2024-04)
Plusieurs facteurs sont à risque de fragiliser la santé mentale des préposés aux bénéficiaires [PAB], tel que le phénomène de la fatigue de compassion. Ce mémoire par article présente une étude qui visait à explorer les perceptions des PAB en résidences pour personnes âgées concernant le phénomène de fatigue de compassion en regard de leur santé mentale à l’aide du modèle théorique demandes-contrôle-soutien. En suivant un devis de recherche descriptif-interprétatif, dix entretiens individuels ont été menés auprès de préposés aux bénéficiaires oeuvrant auprès des personnes âgées. Une analyse thématique a été menée sur les données collectées afin de faire émerger des facteurs permettant de brosser un portrait du phénomène de fatigue de compassion chez les PAB en regard de leur santé mentale. Sur les dix participants, deux représentaient une minorité ethnique, huit étaient des femmes et la moyenne d’ancienneté était de 9,6 années. Onze facteurs regroupés en cinq catégories ont émergé. Nous avons retrouvé une faible présence de fatigue de compassion chez les PAB travaillant auprès des personnes âgées et la santé mentale de ces travailleurs serait meilleure que ce qui est rapporté dans les écrits scientifiques. Nous recommandons l’utilisation de formations ou d’ateliers sur la fatigue de compassion afin d’informer les employés et les employeurs, ainsi que l’augmentation du nombre de rencontres d’équipe et de supervision et consultation de réflexions. Pour les recherches futures, il serait intéressant d'examiner l’aspect relationnel du travail et les contextes de travail des PAB autres que dans les résidences pour personnes âgées.
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Interventions les plus efficaces pour améliorer la durée de l'allaitement chez les femmes primipares : revue de la portée
Keurentjes, Jasmine; Gingras, Véronique; Perreault, Maude (2025-04)
Contexte : L’allaitement maternel est mondialement recommandé jusqu’à 6 mois exclusivement, puis jusqu’à au moins deux ans en complément des aliments. Cette recommandation est basée sur de nombreux bénéfices liés à l’allaitement chez le nourrisson et chez la mère. Bien que le taux d’amorce au Canada soit de 90,9%, la poursuite de l’allaitement exclusif demeure loin de la recommandation avec des taux rapportés de 38,2% à 6 mois. Ces données suggèrent donc que le maintien de l’allaitement est un défi et que les interventions offertes aux parents ne sont pas optimales ou ne ciblent pas les populations plus vulnérables, dont par exemple les femmes primipares. Objectifs : La revue de la portée vise à : 1) évaluer l’efficacité des interventions en périodes prénatale et postnatale ou pendant les deux périodes et 2) explorer le rôle des caractéristiques sociodémographiques des mères primipares et de leurs familles sur l'efficacité des interventions. Méthodes : Plusieurs bases de données (MEDLINE, Embase, CINAHL, Cochrane, Web of Science, CAB abstract, Sociological abstract, Social Science abstract) ont été utilisées. Une première sélection des articles (n=16 161) a été réalisée avec un tri par titres et résumés, puis une deuxième sélection avec la lecture complète des articles (n=268 articles), le tout par deux évaluatrices indépendantes avec le logiciel Covidence. L’extraction des données a été effectuée sous forme de tableau avec Excel pour ensuite réaliser l’analyse et l’interprétation des résultats. Résultats : Trente-cinq articles ont été retenus abordant plusieurs interventions durant les périodes prénatales et postnatales. Une diversité d’interventions est ressortie comme bénéfique autant en présentiel qu’à distance (téléphone, application, site Internet, etc.), par des professionnel.les ou des pairs. En effet, les cours de groupe en période prénatale, puis une continuité dans le soutien offert de manière intensive durant trois mois et, au besoin, jusqu’à au moins 6 mois en période postpartum démontrent des résultats prometteurs sur la durée de l’allaitement. L’inclusion de partenaire semble aussi avoir un impact positif sur la durée d’allaitement (n=12 études). Les interventions devraient cibler les populations plus vulnérables, soient les jeunes femmes (parents) primipares avec un faible niveau d’éducation et de revenu. Conclusions : Bien qu’il y ait une hétérogénéité en termes de fréquences et de modalités des interventions, la continuité et l’individualisation des services offerts selon les besoins des nouveaux parents semblent être ce qui est le plus bénéfique.
Embargo
Imagerie corticale des dynamiques de libération d’acétylcholine et d’activité neuronale en réponse à un environnement visuel dynamique virtuel chez la souris
Azrak, Julie; Vaucher, Elvire (2024-12)
Introduction : L’acétylcholine (ACh), un puissant neuromodulateur du système nerveux central, joue un rôle essentiel dans le traitement visuel, l’attention et la flexibilité cognitive. La plupart des études ont utilisé des stimuli standards, mais l’avancée des outils de réalité virtuelle (RV) est prometteuse pour mieux élucider la dynamique de ce neurotransmetteur dans les comportements guidés visuellement. L’objectif principal est d’identifier comment les environnements dynamiques de RV influencent différemment les mécanismes cholinergiques par rapport aux stimuli standards. Ces découvertes pourraient révolutionner les stratégies de traitement des troubles cognitifs et offrir de nouvelles perspectives afin d’utiliser la RV dans la réhabilitation visuelle. Méthodes : L’activité cholinergique de 10 souris éveillées gACh-3.0 administrées par AAV a été comparée à l’activité calcique de 10 souris Thy1-GCaMP6s en utilisant l’imagerie mésoscopique à champ large. Deux moniteurs affichaient deux types de stimulations. Le premier type affichait un réseau sinusoïdal avec des contrastes variables (0 %, 30 %, 50 %, 75 % ou 100 %). Chaque contraste était montré pendant 2 secondes (s), suivi d’une période de repos de 8 s. Le second type consistait en deux séquences RV en mouvement (« Sham », sans stimulation, et « Stim », avec stimulation), présentées de manière aléatoire. La libération d’ACh et les réponses corticales calciques (ΔF/F) ont été mesurées dans 12 zones différentes (incluant l’hémisphère droit et gauche de chaque région), dont le cortex visuel primaire (V1). Résultats : Pendant la stimulation par réseau sinusoïdal, les résultats ont montré que l’activité neuronale et cholinergique des deux groupes de souris augmentait avec le contraste. En RV, pour le groupe Thy1-GCaMP6s, les amplitudes restaient relativement similaires entre les phases et les deux conditions, sans variations significatives. Pour le groupe gACh-3.0, l’amplitude maximale des signaux augmente pendant la période pré et post-stimulation dans la condition « Stim » significativement par rapport à la période pendant la stimulation. Conclusion : La stimulation visuelle en RV implique des réponses robustes et spécifiques de l’ACh.Le capteur gACh-3.0 montre une réponse plus dynamique et spécifique à la stimulation avec une modulation cholinergique plus marquée par rapport au capteur Thy1-GCaMP6s qui présente des amplitudes relativement stables. Le gACh-3.0 relève des variations significatives mettant en évidence sa grande sensibilité à l’activité cholinergique. Ces recherches pourraient permettre d’exploiter la RV pour développer de nouvelles thérapies ciblées ainsi que des stratégies d’apprentissage.
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Étude des dynamiques populationnelles microbiennes : développement d’outils computationnels pour caractériser le rôle des variations intra-espèces sur la stabilité des communautés microbiennes
Gagné-Leroux, David; Serohijos, Adrian (2025-04)
Le séquençage 16S, la matrice d’interactions communautaires et le modèle de Lotka-Volterra sont des outils essentiels pour décrire la composition, les interactions et la stabilité des communautés microbiennes. Bien que ces approches soient largement utilisées en écologie microbienne, elles se limitent à une résolution inter-espèce, négligeant la diversité à l’intérieur des populations. Or, en raison du chevauchement des échelles de temps évolutives et écologiques au sein des microbiomes, ces communautés sont également influencées par la diversité intra-espèce. L’ampleur de cette influence demeure toutefois incomprise. Le présent travail vise à unifier la biologie évolutive et l’écologie des communautés microbiennes afin de mieux comprendre leur capacité d’adaptation. À cette fin, nous avons développé Doblin (Dominant Barcode Lineages), un outil computationnel exploitant les données de séquençage de codes-barres chromosomiques pour mettre en évidence la diversité clonale intra-espèce. Testé à la fois sur des simulations et des données expérimentales d'évolution d'E. coli, Doblin a démontré sa capacité à identifier les lignées clonales dominantes et à les regrouper en fonction de leur avantage sélectif. En plus, face à la densité et aux bruits fréquents dans les données expérimentales de séquençage, nous avons également étudié des moyens d’optimiser leur représentation. Pour ce faire, nous avons utilisé la décomposition en valeurs singulières (SVD) afin de décomplexifier les dynamiques temporelles des lignées clonales. En somme, ce travail facilite l’étude des dynamiques populationnelles microbiennes et leur intégration aux dynamiques communautaires.
Embargo
L’utilisation d’un inhibiteur de PARP en combinaison séquentielle dans le cancer du sein triple négatif
Abdesselam, Djihane Chafia; Hassan, Saima (2025-04)
Le cancer du sein triple négatif (CSTN) est le sous-type de cancer du sein le plus agressif, ne surexprimant pas les récepteurs hormonaux ou un récepteur de facteur de croissance, HER2. Les inhibiteurs de PARP (PARPis) ont amélioré significativement le pronostic des patientes atteintes de CSTN porteurs de mutations BRCA1/2. Nous avons précédemment montré que la combinaison séquentielle d’un PARPi, talazoparib, suivie du carboplatine (Seq T->C) était une approche efficace pour inhiber les métastases pulmonaires. Notre hypothèse est donc que le Seq T->C induit une réponse durable aux dommages causés à l'ADN, contribuant ainsi à l'efficacité antimétastatique. Ici, nous avons étudier l’impact des trois approches de combinaison d’un PARPi, talazoparib, et du carboplatine : concomitante (Conc T+C), carboplatine suivi par talazoparib (Seq C->T), et Seq T-> C. En générale, dans des lignées cellulaires de CSTN, les trois approches de combinaison du talazoparib et du carboplatine ont induit les dommages à l’ADN et réduit la prolifération cellulaire, de manière comparable. Cependant, un délai dans l’induction des marqueurs de dommages àl’ADN a été observé avec l’approche Seq T->C. In-vivo, on a évalué l’expression génique dans des tumeurs primaires issues d’un modèle de souris. Une augmentation des voies pro-angiogéniques et pro-inflammatoires a été observé pour les approches Conc T+C et Seq C->T. Ceci favoriserait la combinaison Seq T->C, qui ne présente pas ce phénotype, mais qui en revanche présente une régulation négative des voies de réponses de dommages à l’ADN et de la voie de signalisation CCR5 au niveau des métastases pulmonaires.
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L'utilité de la quantification des flots myocardiques en TEP cardiaque dans l'évaluation de la maladie coronarienne
Ngo, Vincent; Pelletier-Galarneau, Matthieu (2025-04)
Au Canada, la maladie coronarienne athérosclérosante (MCAS) affecte 1.6 millions d’individus et constitue la 2e cause de décès. Elle représente un fardeau important sur le système de santé avec impact économique majeur. L’étude de perfusion myocardique à l’aide de la tomographie par émission de positrons (TÉP) est un examen diagnostic non-invasif particulièrement utile pour l’évaluation de la MCAS. Ce projet avait pour but d'établir les valeurs normales de flots myocardiques (MBF) et de réserve de flots myocardiques (MFR) mesurées à l’aide de la TÉP-rubidium avec dipyridamole. Dans un premier temps, l’importance de la quantification des MBF en TÉP est mise en contexte via une discussion sur les avantages de la TEP par rapport aux autres modalités ainsi que sur le rôle crucial des MBF dans l’évaluation du pronostic, en particulier chez les patients à risque élevé. Dans un second temps, les valeurs normales de MBF et MFR ont été calculées pour les femmes et les hommes pour différents groupes d’âges. Nous avons démontré que les femmes présentaient des valeurs plus élevées de MBF et de MFR que les hommes et que ces valeurs diminuaient avec l'âge pour les deux sexes. Des seuils de valeurs normales pour le MBF au stress et le MFR ont été proposés selon l’âge et le sexe pour guider les cliniciens dans leur prise en charge des patients.
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Schizophrénie et rétablissement, est-ce possible ? Étude des facteurs associés à la qualité de vie, au fonctionnement, et des pistes de solutions potentielles.
Beaudoin, Mélissa; Dumais, Alexandre; Potvin, Stéphane (2025-04)
La schizophrénie et les troubles apparentés sont des maladies mentales chroniques pouvant s’avérer très invalidantes. Les hallucinations auditives verbales (« voix ») sont fréquemment présentes et peuvent causer une grande détresse psychologique, ce qui nuit au rétablissement. La plupart des études sur la schizophrénie se concentrent sur la réduction des symptômes psychotiques, sans considérer suffisamment la rémission fonctionnelle, qui inclut des aspects comme l’emploi, les relations et la participation sociale. Comme ces deux concepts ne sont pas équivalents, il est crucial de les examiner séparément afin d’optimiser les interventions cliniques. De plus, malgré l’efficacité des médicaments antipsychotiques pour traiter ces hallucinations, environ 30 % des patients continuent d’en souffrir. Malheureusement, les alternatives thérapeutiques sont limitées. Ainsi, la Thérapie Avatar se présente comme une piste de solution potentielle qui consiste à établir un dialogue en réalité virtuelle entre les patients et des avatars représentant les voix persécutrices, leur permettant ainsi de développer des stratégies de régulation des émotions et de gestion des hallucinations. L’efficacité de cette thérapie a été démontrée, notamment en produisant une amélioration significative la qualité de vie des patients résistants au traitement médicamenteux. Cependant, ses mécanismes sous-jacents demeurent mal compris. Considérant ces enjeux, la présente thèse avait comme objectif principal de mieux caractériser le rétablissement des individus vivant avec une schizophrénie ou une psychose associée, notamment (1) en identifiant les différents facteurs pouvant influencer le rétablissement des individus vivant avec un trouble psychotique, et (2) en explorant les mécanismes sous-jacents d’une piste de solution potentielle permettant d’améliorer le rétablissement des individus réfractaires au traitement pharmacologique, soit de la Thérapie Avatar. Tout d’abord, l’apprentissage machine a été utilisé pour identifier les meilleurs prédicteurs de la qualité de vie dans une cohorte longitudinale de patients vivant avec la schizophrénie. De plus, des trajectoires de fonctionnement longitudinales ont été calculées et caractérisées à partir d’une plus petite cohorte montréalaise recrutée au moment d’une admission en psychiatrie pour un trouble psychotique. Ensuite, une analyse qualitative des séances thérapeutiques immersives de 18 participants ayant suivi la Thérapie Avatar a été réalisée pour caractériser le discours des avatars et les réponses des patients, et ainsi mieux comprendre les mécanismes sous-jacents qui expliquent l’efficacité de cette intervention sur la qualité de vie. Finalement, une analyse complémentaire des entretiens semi-structurés, réalisés avant et après la thérapie de 10 participants, a permis de mettre en évidence divers thèmes liés à la qualité de vie. Les deux premières études ont révélé des facteurs associés au rétablissement, tels que le statut socio-économique, le soutien social, la neurocognition, et des indicateurs de santé physique. Ensuite, les deux études suivantes ont permis de générer des hypothèses sur les mécanismes par lesquels la Thérapie Avatar impacte le rétablissement, notamment en améliorant l’estime de soi et les capacités de régulation émotionnelle. En conclusion, ces résultats enrichissent notre compréhension des manières dont ces individus peuvent progresser vers le rétablissement. Cette thèse offre des pistes de solution afin d’améliorer les interventions psychothérapeutiques existantes, orienter les recherches futures, et mieux répondre aux besoins de cette population.
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L'influence du contexte sur la qualité des interactions verbales éducatrice-enfants en centre de la petite enfance
Gingras, Marie-Pier; Duchesne, Louise; Rezzonico, Stefano (2024-12)
Les habiletés langagières avec lesquelles les enfants font leur entrée à l’école jouent un rôle central dans leur réussite éducative. Durant la période préscolaire, lorsque les interactions verbales sont de qualité élevée, les conversations entre les éducatrices et les enfants peuvent favoriser le développement du langage des enfants âgés de 4 et 5 ans. Toutefois, la littérature scientifique indique que ces interactions verbales ne sont pas suffisamment complexes pour propulser le développement du langage des enfants (Cantin et al., 2017; Dickinson et al., 2008; Massey, 2004; Paatsch et al., 2019). En même temps, les études sur les programmes de développement professionnel axés sur l'amélioration de l'utilisation de pratiques de soutien au développement langagier par les éducatrices rapportent des résultats limités (Neuman et Cunningham, 2009; Piasta et al., 2020). Plusieurs facteurs peuvent influencer les caractéristiques des interactions éducatrices-enfants. L’objectif de cette thèse est de mieux comprendre et de décrire ces facteurs afin de soutenir la conception de programmes de développement professionnel plus efficaces. À cette fin, dans cette thèse, nous avons réalisé trois études portant chacune sur une des questions de recherche suivantes : 1) Quelles pratiques de soutien au développement langagier les éducatrices travaillant auprès de groupe d’enfants âgés de 4 et 5 ans déclarent-elles utiliser ? 2) Comment les interactions verbales entre les éducatrices et les enfants âgés de 4 et 5 ans se comparent-elles lors de trois activités en grand groupe (lecture partagée, collation, causerie) en fonction des trois dimensions de l’interaction identifiées par Rowe et Snow (2020) ? et 3) Pour les éducatrices travaillant dans un groupe d’enfants âgés de 4 et 5 ans, est-il faisable de mettre en oeuvre une activité de dialogue philosophique reconnue pour stimuler les interactions verbales complexes ? Dans l’étude 1, nous avons utilisé une méthode qualitative inductive afin de coder des entretiens individuels réalisés avec 12 éducatrices. Dans les études 2 et 3, les trois dimensions du cadre théorique de Rowe et Snow (2020) ont été utilisées pour comparer les interactions éducatrices-enfants entre les activités. Dans l’étude 3, la perception des éducatrices relativement à la mise en oeuvre des dialogues philosophiques a été recueillie lors d’entretiens individuels. Ces données ont été analysées déductivement avec les quatre marqueurs d’implantation précoce (Proctor et al., 2011) : la pertinence, la faisabilité, l’adoption et l’acceptabilité. Au moment du dépôt, cette thèse présente un article déjà publié et deux étude soumises pour la publication. Les résultats de l’étude 1 indiquent que les éducatrices connaissent un grand nombre de stratégies réputées efficaces pour favoriser le développement du langage et qu’elles sollicitent également plusieurs pratiques (p. ex. : protéger l’estime de soi des enfants). Cependant, peu d'entre elles ont déclaré utiliser des stratégies qui soutiennent spécifiquement le développement du langage des enfants de 4 et 5 ans. Dans l’étude 2, les activités de collation et de causerie ont favorisé la présence de sujets décontextualisés ainsi que la longueur des conversations. Également, les sujets de conversation décontextualisés sont associés à une production plus fréquente de phrases complexes de la part des éducatrices. Enfin, les dialogues philosophiques de l’étude 3 ont favorisé des échanges plus équilibrés entre les éducatrices et les enfants et davantage d’énoncés faisaient partie de conversations décontextualisées. Les éducatrices ont indiqué que l’activité de dialogue philosophique est pertinente et adaptée à leur pratique quotidienne. En conclusion, les résultats de la présente thèse suggèrent qu’un ensemble de facteurs influence les caractéristiques des interactions verbales éducatrices-enfants : les objectifs poursuivis par les éducatrices, l’alignement des stratégies de soutien au développement langagier avec les autres préoccupations des éducatrices (p. ex. : estime de soi), les activités lors desquelles les interactions prennent place ainsi que les sujets de conversations abordés. Cette thèse suggère que les programmes de développement professionnel gagneraient à discuter spécifiquement des stratégies de soutien nécessaires au développement langagier des enfants âgés de 4 et 5 ans. De plus, ces programmes pourraient être plus efficaces s’ils tenaient compte de l’influence naturelle des activités et des sujets de conversation sur les interactions éducatrices-enfants.
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Impact de la loi de Vanessa sur la déclaration des événements indésirables associés aux médicaments antiplaquettaires
Guefack Djiokeng, Laura blonde; Leclerc, Jacinthe (2024-12)
Les médicaments antiplaquettaires (ex. : acide acétylsalicylique, clopidogrel, ticagrelor, prasugrel) sont grandement utilisés en cardiologie pour la prévention primaire ou secondaire des événements athérothrombotiques et peuvent être à l’origine des événements indésirables (EI) graves. Selon une étude internationale, seulement 5 % des EI médicamenteux sont déclarés aux autorités de santé; ce qui nous pousse à émettre un questionnement sur la qualité de la surveillance populationnelle quant aux EI. Au Canada, la Loi de Vanessa a été mise en application en 2019 pour renforcer la réglementation visant à protéger les Canadiens contre les médicaments dangereux. Cette loi rend obligatoire la déclaration des EI graves par les établissements de soins de santé et services sociaux. Nous avons cependant peu de connaissance quant à la déclaration des EI associés aux antiplaquettaires. Objectif : Étudier l’impact de la Loi de Vanessa sur la déclaration des EI associés aux antiplaquettaires à l’Institut universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec-Université Laval (IUCPQ-ULaval), Canada. Méthode : Une étude descriptive rétrospective a été menée. Il s’agit d’une sous-étude d’un projet de plus grande envergure mené par l’équipe de la professeure Jacinthe Leclerc, incluant un échantillon de 500 patients hospitalisés à l’IUCPQ sur une période de 4 ans (de janvier 2018 à décembre 2021), et sélectionnés de façon aléatoire par une archiviste de l’IUCPQ, soit 4 cohortes annuelles de 125 patients/an (total n = 500). Par la suite, tous les patients ayant prix au moins un agent antiplaquettaire pendant leur séjour hospitalier ont été identifiés à partir de l’échantillon initial, ce qui a permis d’obtenir pour cette étude un échantillon de 260 patients. Les informations telles que les données démographiques, la durée d'hospitalisation, les médicaments pris pendant le séjour hospitalier ainsi que les EI ont été extrait des dossiers médicaux électroniques (DMÉ) des patients et des analyses descriptives ont été effectuées pour la caractérisation de l’échantillon à l’étude (médiane, minimum- maximum, proportion). Les raisons des hospitalisations ont été codées selon la Classification statistique internationale des maladies et des problèmes de santé connexes, 10e version, Canada (CIM-10-CA). Résultats : Les 260 adultes randomisés pour les cohortes de 2018, 2019, 2020 et 2021 ont été hospitalisés pour des maladies cardiovasculaires (CIM-10-CA : I00-I99 ; 73 %) ou des maladies du système respiratoire (J00-J99, 7 %). L’âge médian était de 70 ans (min-max : 21-96). La durée médiane de séjour à l’hôpital était de 3 jours (min-max : 1-15 jours). Environ 1 395 EI ont été enregistrés parmi lesquels 166 EI graves. Toutefois, aucun n’avait été déclaré à Santé Canada. Conclusion : Les résultats de cette étude n’ont pas permis d’observer au sein de notre échantillon un effet positif de la Loi de Vanessa sur la déclaration des EI associés aux antiplaquettaires. A notre connaissance, ce projet a permis de dresser le tout premier portrait des tendances de déclaration des EI associés aux antiplaquettaires au Canada.
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Exposition aux activités de plein air et santé mentale des adolescents : le rôle médiateur de la satisfaction des besoins psychologiques d’autonomie, compétence et appartenance
Drapeau, Chloé; Doré, Isabelle (2025-04)
L’exposition à la nature et la pratique d’activité physique peuvent contribuer de façon positive à la santé mentale et au bien-être. Pratiquer une activité de plein air (APA) permettrait possiblement de combiner les bienfaits de l’exposition à la nature et de l’activité physique. Les mécanismes susceptibles d’expliquer ces associations restent à identifier. Étant donné que les APA peuvent renforcer la satisfaction des besoins psychologiques d’autonomie, de compétence et d’appartenance et que ces besoins psychologiques sont connus pour être associés à la santé mentale positive, ils pourraient représenter un médiateur dans l’association APA-santé mentale positive. Cette étude vise à 1) estimer l’association entre l’exposition aux APA et la santé mentale positive durant l’adolescence, et 2) examiner si la satisfaction des besoins psychologiques d’autonomie, de compétence et d’appartenance sont des variables médiatrices de cette association. Les données de l’étude longitudinale MATCH (Monitoring Activities of Teenagers to Comprehend their Habits, n = 929) ont été utilisées pour examiner ces objectifs au début (14-15 ans), au milieu (15-16 ans) et à la fin (16-17 ans) de l’adolescence. L’exposition aux APA et la satisfaction des besoins psychologiques d’autonomie, de compétence et d’appartenance ont été auto-rapportées trois fois par année. La santé mentale positive a été auto-rapportée une fois par année. Des modèles de régression linéaire (objectif 1) et des analyses de médiation basées sur les définitions contrefactuelles des effets naturels directs (NDE) et indirects (NIE) (objectif 2) ont été effectués, en ajustant pour l’âge, le genre, la puberté et le revenu. Alors qu’il n’y avait pas d’association entre l’exposition aux APA et la santé mentale positive au début (𝛽" (IC95%) = 0,34 (-0,18; 0,86)) et à la fin (𝛽" (IC95%) = 0,93 (-0,70; 2,56)) de l’adolescence, nous avons observé une association positive chez les adolescents d’âge moyen (𝛽" (IC95%) = 0,83 (0,04; 1,62)). Les analyses de médiation ne permettent pas d’affirmer que l’autonomie, la compétence et l’appartenance sont des variables médiatrices. Les résultats de cette étude suggèrent que l’association entre l’exposition aux APA et la santé mentale positive peut varier selon l’âge des adolescents. Les mécanismes sous-jacents à cette association restent à identifier.
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De la génomique à la métabolomique pour la médecine de précision via des approches statistiques et d'apprentissage automatique
Baron, Cantin; Hussin, Julie; Ruiz, Matthieu; Des Rosiers, Christine (2025-03)
Les progrès récents en biotechnologie permettent la génération d’une quantité immense de données moléculaires à haut-débit, particulièrement dans les sciences "omiques". L'explosion de données qui en découle constitue une opportunité croissante d'utiliser les données génomiques et métabolomiques propres à un individu afin d'améliorer la médecine de précision dans les contextes pathologiques, la compréhension des mécanismes biologiques de manière systémique. Cependant, l'analyse de ces données massives et hautement complexes exige des algorithmes plus sensibles, performants et robustes afin d’être analysées adéquatement. Cette thèse se concentrera sur le développement et l’application de méthodes analytiques pour les données omiques, principalement les données génomiques et métabolomiques. Les données de métabolomiques nécessitent le développement de méthodologies analytiques comparativement aux autres sciences omiques plus matures. Cette quantité limitée de méthodes limite leur interprétation mais aussi leur intégration avec les autres données omiques. Ainsi, nos objectifs spécifiques sont : (1) tester et étendre une méthodologie bio-informatique novatrice basée sur les voies métaboliques pour annoter des paires gène-métabolite afin d'améliorer l'interprétation des associations gène-métabolite, en particulier pour les résultats des études d’associations pangénomique de métabolites (mGWAS), (2) identifier des marqueurs métaboliques associées à l'insuffisance cardiaque (IC) en utilisant des données de métabolomique grâce aux approches d’apprentissage automatique (AA) explicables. Ces projets de recherche seront structurés en deux sections distinctes. La première étude, exposée dans le chapitre 3, portera sur l'analyse des études d’associations pangénomique de métabolites et plus précisément l'élaboration d'une méthode bio-informatique pour annoter ce type de données qui génère des paires gènes-métabolites. Cette méthode vise à améliorer l'interprétation des associations entre gènes et métabolites via la métrique de distance réac- tionnelle la plus courte (SRD, pour hortest reactional distance en anglais), principalement en lien avec les résultats d'études d’associations pangénomique de métabolites, mais peut être étendue à tout type de paires gène-métabolite issues de différentes sources. Nos résultats montrent que la métrique SRD permet une annotation objective et quantitative des paires gène-métabolite sur la base de leur topologie biologique, à savoir leur positionnement au sein des voies métaboliques, au-delà de l'utilisation de seuils de signification statistique conservateurs. Cette métrique de distance peut être utilisée comme une solution simple au problème de la hiérarchisation d'un sous-ensemble de gènes et/ou métabolites en fournissant une liste de candidats et leurs valeurs SRD, comme annotation pour les paires strictement associées, comme une solution pour éviter l'élimination d'associations intéressantes avec des valeurs-p suggestives, mais aussi comme solution pour l'amélioration de la qualité des ressources publiquement disponibles. En d'autres termes, la métrique SRD peut augmenter le taux de découverte de toutes les études passées et futures impliquant des paires gène-métabolite. La seconde étude, décrite dans le chapitre 4, se concentrera sur le développement de modèles d'apprentissage automatique et l'application de méthodes dérivées pour démontrer l'utilité et les bénéfices d'une pipeline traitant les données de métabolomique pour la compréhension d'un phénotype physiopathologique. Nos résultats réaffirment des signatures métaboliques connues pour leur association avec l'IC, tels que le glucose et le cholestérol, au côté de la découverte de l'acide lignocérique (C24:0) résultant comme un discriminant majeur pour les modèles de classification. De plus, notre étude met en évidence l'utilité de l'analyse d'interaction de variables pour la détermination d'un réseau d'interactions de métabolites essentielles pour une prédiction précise de l'IC. Les résultats démontrent l'efficacité de nos approches dans l'identification de nouveaux biomarqueurs potentiels et de leurs interactions, et la puissance de l’AA et de l'explicabilité dans l'avancement de la médecine de précision. Cette étude permet de mieux comprendre l'IC et d'évaluer le potentiel de cette pipeline bio-informatique pour identifier de nouveaux marqueurs associés à l'IC via des données de métabolomique. Dans ces deux projets, nous avons développé et démontré l'applicabilité de méthodes analytiques permettant le traitement de données omiques, principalement les données de génomiques et de métabolomiques. À l'aide de ces études, constituant des preuves de concept, et à leurs résultats, nous pouvons envisager l'extension de ces méthodes à des jeux de données de plus grande taille. Ces méthodes peuvent également être appliquées à des contextes étudiant des phénotypes alternatifs afin d'approfondir leurs interprétations biologiques et d'améliorer les aspects méthodologiques adéquats, aboutissant ainsi une robustesse statistique plus importante. Globalement, ces résultats contribuent aux traitements des données omiques via des approches statistiques et d'apprentissage automatique pour l'amélioration de la médecine de précision.
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Consommation de produits ultra-transformés et expérience alimentaire des étudiants internationaux lors de leur parcours à l'Université de Montréal : une enquête socioalimentaire
Charron, Annabelle; Moubarac, Jean-Claude (2024-11)
Malgré le grand nombre d’étudiants internationaux inscrits à l’Université de Montréal (UdeM), aucune recherche ne s’est intéressée à l’expérience alimentaire de cette population et plus particulièrement à leur consommation d’aliments ultra-transformés (AUT) qui sont associés à une faible qualité nutritionnelle et à l’augmentation des risques de maladies chroniques. Le but de ce projet pilote consiste à documenter l'expérience des étudiants internationaux envers la consommation de produits ultra-transformés lors de leur parcours à l'Université de Montréal. Des étudiants internationaux (n=20) de l’UdeM ont été recrutés par le biais de personnes-ressources facultaires des différents départements. Ces étudiants ont été suivis lors de 4 entrevues individuelles de janvier à avril 2024. À chaque rencontre, les étudiants ont rempli un questionnaire de fréquence alimentaire sur leur consommation d’AUT. Les recommandations du Guide alimentaire canadien leur ont été présentées lors de la première rencontre, puis, lors des rencontres subséquentes, d’autres ressources adaptées selon leurs besoins leur ont été offertes. Des questions leur ont été posées sur l’utilisation de ces ressources, ainsi que sur leur environnement alimentaire avant de migrer et depuis leur arrivée au Canada afin de mieux comprendre les obstacles et opportunités rencontrés pour limiter leur consommation d’AUT. Avant et après leur immigration au Canada, les étudiants avaient l’habitude de consommer certains AUT. Toutefois, au cours des 4 mois de l’étude, leur score moyen de consommation d’AUT a diminué de 23 à 15. Les AUT les plus consommés étaient les tartinades industrielles, les chocolats ou les bonbons, ainsi que les pâtisseries industrielles. Plusieurs facteurs individuels et environnementaux limitant ou facilitant la consommation de ces produits ont été mentionnés, notamment le prix des aliments et AUT, la disponibilité et l’accès aux aliments et le temps. Pour certains étudiants, les ressources offertes ont été utiles pour surmonter les défis rencontrés. Les résultats de cette étude ont permis de conclure que les étudiants internationaux de l’UdeM rencontrent des défis alimentaires pour limiter leur consommation d’AUT. Ceux-ci devraient être soutenus par l’Université en leur fournissant une éducation nutritionnelle, mais également des ressources pour les aider à surmonter les facteurs environnementaux nuisant à la cuisine et la consommation d’aliments sains.
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Comment la population générale aurait-elle alloué les ressources des soins intensifs pédiatriques aux adultes dans un contexte de surcapacité durant la pandémie de COVID-19?
Singh, Naomi; Orr Gaucher, Nathalie; Bouthillier, Marie-Ève (2025-04)
Contexte : Il n'existe pas de consensus éthique sur la manière de répartir les ressources en soins intensifs pédiatriques pendant la pandémie de COVID-19 si les besoins dépassent les ressources disponibles en soins intensifs pour adultes. Objectif : Explorer les valeurs et les préférences de la population générale quant à l'utilisation des ressources de l'USIP pour traiter les adultes pendant la pandémie de COVID-19 au Canada. Méthodes : Cette étude utilise un devis de méthodes mixtes convergent parallèle : une délibération démocratique (DD) en ligne, avec des questionnaires pré/post. En 2022, des adultes du Canada ont participé à des séances de formation (28 mai) et de délibération délibérations ont été enregistrées et transcrites dans leur intégralité, puis analysées à l'aide d'une analyse de contenu thématique. Les questionnaires portant sur les préférences des participants en matière de stratégies d'allocation des ressources, remplis avant et après la DD, ont été analysés avec des rapports descriptifs des fréquences ; les réponses des participants avant et après la DD aux échelles de Likert ont été comparées à l'aide de tests de Wilcoxon. Résultats : Soixante participants ont été sélectionnés à la suite d'un appel à candidatures lancé par une firme de sondage. La plupart des personnes pensaient que le fait de ne pas utiliser les ressources pédiatriques lorsque celles des adultes sont épuisées est « inacceptable/très inacceptable » (55 % et 64 % avant et après la DD, respectivement). Après la DD, un nombre significativement plus élevé de participants croyaient que l'allocation de certaines ressources pédiatriques aux adultes serait la plus acceptable (23,1 % avant et 56,5 % après la DD ; p = 0,001). L'analyse qualitative des données a permis d'identifier trois thèmes : (1) une vision particulière de l'enfant (en bonne santé, jeune) ; (2) les ressources de soins intensifs pédiatriques devraient être protégées afin d'assurer un accès aux soins habituels pour les enfants avec besoins ; (3) les ressources pédiatriques excédentaires devraient être partagées avec les adultes afin de maximiser les avantages et la survie au niveau de la population globale. Conclusions : Les participants étaient d'avis que les ressources de l'USIP devraient être mises à la disposition des enfants pour qu'ils puissent maintenir les soins habituels. Néanmoins, afin de maximiser l'utilisation des ressources et de sauver le plus de vies possible, les participants ont recommandé que les ressources de l'USIP ne soient pas gaspillées et qu'elles soient mises à la disposition des patients adultes au besoin.
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Paramétrisation des modèles de survie & des réductions dimensionnelles par apprentissage profond sur des transcriptomes de cancer
Sauvé, Léonard; Lemieux, Sébastien (2025-03)
Les analyses de survies jouent un rôle important pour la recherche des traitements des cancers. Les cancers sont porteurs de nombreuses mutations et de réarrangements chromosomiques, tandis que les variants génétiques et démographiques décrivent les facteurs génétiques propres à l’individu. Les profils d’expression des gènes d’un cancer quantifiés via la méthode de séquençage d’ARN mesurent l’effet des variants génétiques propres au cancer et partiellement à l’individu. Le but de cette thèse est de mesurer l’impact des réductions dimensionnelles pour les analyses de survie, de développer une méthode de réduction dimensionnelle pour les données transcriptomiques et d’explorer des méthodes d’apprentissage profond utilisant les réductions dimensionnelles qui améliorent la performance des analyses de survie. Deux objectifs sousjacents se retrouvent également entremêlés aux travaux présentés ici : trouver les apports des réseaux de neurones artificiels profonds à la prédiction de survie en cancer, s’ils existent et identifier l’impact des hyperparamètres nécessaires pour obtenir les modèles optimaux. Nos résultats démontrent comment une signature génique publiée a une capacité prédictive de la survie en LMA avec le modèle de survie standard par indice de concordance équivalente que l’ACP, une méthode de réduction dimensionnelle informée. Ensuite, on montre une adaptation à une méthode publiée qui est nécessaire pour atteindre la convergence d’un réseau de neurones profonds. Enfin, on décrit la différence de performance entre le modèle de survie standard et le modèle utilisant ce modèle par indice de concordance. En utilisant tout le profil, il ne semble pas y avoir de différence, mais des réductions dimensionnelles informées à basse dimension semble favoriser les réseaux profonds. Dans le quatrième chapitre de la thèse, les développements d’une méthode de réduction dimensionnelle des Factorized embeddings ont permis d’améliorer ses temps de calcul et démontré de nouveau que les FE peuvent être comme technique de visualisation 2D. Nous avons également permis aux FE entrainés de faire l’inférence de nouveaux points et démontré que ceux-ci peuvent être utilisés comme méthode de réduction dimensionnelle pour la prédiction d’une tâche auxiliaire et nous l’avons comparé à des approches standards. De plus, nous avons cartographié certains liens entre les hyperparamètres de la L2 et de la taille des embeddings des gènes et la topologie de l’espace de l’embedding des échantillons en 2D. Enfin, nous avons identifié les limitations actuelles du modèle qui nous orientent les recherches futures en vue d’améliorer les performances de l’algorithme. Le cinquième chapitre présente des approches qui combinent les réductions dimensionnelles et l’apprentissage profond afin d’améliorer les prédictions de survie. Deux types d’approches sont explorées, l’une faisant l’entrainement d’un réseau de survie et l’optimisation d’un réseau de réduction dimensionnelle de manière découplée et l’autre faisant l’entrainement des deux réseaux simultanément. Dans le premier cas en apprentissage découplé, un réseau de réduction dimensionnelle est entrainé dans un premier temps, puis le réseau de survie profond est entrainé sur la projection des données dans l’espace réduit. Dans le deuxième cas, l’entrainement des deux parties du réseau est effectué simultanément durant l’optimisation. Pour cette section, on étudie deux approches contrastantes : l’apprentissage multi-tâche utilisant les auto-encodeurs variationnels et un réseau de Cox profond et l’autre utilisant l’apprentissage par transfert. Enfin on y analyse que réseaux de survie ne profitent pas de modèles profonds à l’heure actuelle. Leur nombre limité d’échantillons dans les jeux de données et leur trop grande dimensionalité en serait la raison principale. Les réductions dimensionnelles qui ont été explorées dans cette thèse offrent des perspectives d’amélioration intéressantes, mais méritent d’être explorées davantage pour offrir des améliorations significatives.
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Exploration de la connectivité fonctionnelle et de la plasticité multimodale par imagerie mésoscopique chez des souris aveugles depuis la naissance
Chouinard, Véronique; Vanni, Matthieu (2024-12)
Lors de la perte d’un système sensoriel, on observe une invasion des systèmes résiduels vers les régions déprivées. En dépit du sens perdu, ce phénomène – la plasticité multimodale – permet de renforcer le traitement sensoriel des régions fonctionnelles et ainsi compenser la perte du sens perdu. Ce phénomène est particulièrement présent lorsque la cécité apparaît au début de la vie, lorsque le cerveau est plus susceptible de s’adapter aux changements. Bien que l’existence de cette plasticité soit bien établie, elle a très peu été observée à l’aide d’approches mésoscopiques chez les animaux, permettant d’atteindre une résolution suffisante pour mettre en évidence les cartes corticales. Nos objectifs lors de cette recherche étaient d’explorer les changements de connectivité fonctionnelle des réseaux neuronaux somatosensoriels, moteur et visuel chez les souris aveugles. En outre, pour approfondir nos recherches sur la réorganisation corticale après la perte de vision, nous nous sommes également penchés sur les réponses tactiles évoquées dans le cortex visuel. Nous avons émis l’hypothèse qu’une topographie similaire aux cartes de somatotopie pourrait être observée dans les régions visuelles de niveau supérieur. Nous avons alors mesuré l'activité calcique par imagerie mésoscopique du cortex dorsal de la souris ayant reçu une énucléation binoculaire dès la naissance. Nous avons évalué les changements de connectivité fonctionnelle pendant des périodes de locomotion et d’éveil calme chez la souris fixée et libre de courir sur une roue. De plus, nous avons effectué des stimulations tactiles chez la souris anesthésiée. Nos résultats démontrent que les changements de connectivité pendant la locomotion des souris aveugles sont principalement caractérisés par une suppression entre le cortex visuel et le cortex somatosensoriel primaire ainsi qu’avec les aires visuelles supérieures. Étonnamment, une légère augmentation de la connectivité a été observée entre V1 et le cortex moteur secondaire sans passer par le cortex moteur primaire. Malgré une augmentation de l’activité tactile évoquée dans le cortex visuel primaire, aucune topographie n’a pu être observée. Finalement, notre recherche nous permettra dans le futur d’explorer plus en détail la connectivité locale et les changements topographiques dans les aires visuelles ainsi que l’influence des mouvements sur l’activité spontanée des souris aveugles.

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